Este é o comando gmx-nmtraj que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-nmtraj - Gera uma trajetória oscilante virtual de um autovetor
SINOPSE
gmx nmtraj [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-eignr ]
[-fases ] [-temperatura ] [-amplitude ]
[-nframes ]
DESCRIÇÃO
gmx nmtraj gera uma trajetória virtual a partir de um autovetor, correspondendo a um
oscilação cartesiana harmônica em torno da estrutura média. Os autovetores devem
normalmente é ponderado em massa, mas você pode usar autovetores não ponderados para gerar
movimentos ortogonais. Os quadros de saída são escritos como um arquivo de trajetória cobrindo todo um
período, e o primeiro quadro é a estrutura média. Se você escrever a trajetória em (ou
converter para) formato PDB, você pode visualizá-lo diretamente no PyMol e também renderizar uma imagem fotorrealística
filme. As amplitudes de movimento são calculadas a partir dos valores próprios e de uma temperatura predefinida,
assumindo equipartição da energia em todos os modos. Para tornar o movimento claramente visível em
PyMol você pode querer amplificá-lo definindo uma temperatura alta irreal.
No entanto, esteja ciente de que tanto os deslocamentos cartesianos lineares quanto o peso da massa irão
levar a sérias deformações da estrutura para amplitudes elevadas - isso é simplesmente uma limitação
do modelo de modo normal cartesiano. Por padrão, o autovetor selecionado é definido como 7, uma vez que
os primeiros seis modos normais são os graus de liberdade de translação e rotação.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
Trajetória: xtc tr gro g96 pdb tng
Outras opções:
-eignr (7)
Sequência de vetores próprios para usar (o primeiro é 1)
-fases (0.0)
Sequência de fases (o padrão é 0.0)
-temperatura (300)
Temperatura (K)
-amplitude (0.25)
Amplitude para modos com autovalor <= 0
-nframes (30)
Número de frames para gerar
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