Este é o comando gmx-principal que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-principal - Calcula os eixos principais de inércia para um grupo de átomos
SINOPSE
principal gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [.A1 [<.xvg>]] [.A2 [<.xvg>]]
[.A3 [<.xvg>]] [-um [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-você ] [-[agora] [-xvg ]
[- [não] foo]
DESCRIÇÃO
gmx principal calcula os três eixos principais de inércia para um grupo de átomos. NOTA:
Versões antigas do GROMACS gravavam os dados de saída de uma forma estranhamente transposta. A partir do GROMACS
5.0, o arquivo de saída paxis1.dat contém os componentes x / y / z do primeiro (principal)
eixo principal para cada quadro, e da mesma forma para os eixos do meio e menor em paxis2.dat
e paxis3.dat.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
.A1 [<.xvg>] (paxis1.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
.A2 [<.xvg>] (paxis2.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
.A3 [<.xvg>] (paxis3.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
-um [<.xvg>] (moi.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
Outras opções:
-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)
-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos
-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum
- [não] foo (no)
Opção fictícia para evitar array vazio
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