gmx-sasa - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-sasa - Calcula a área de superfície acessível ao solvente

SINOPSE

gmx sasa [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [Ou [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-televisão [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-você ] [-xvg ] [- [não] rmpbc]
[- [não] pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-sonda ]
[-pontos ] [- [não] prot] [-dgs ]
[-superfície ] [-saída ]

DESCRIÇÃO

gmx sasa calcula as áreas de superfície acessíveis a solventes. Veja Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 para o algoritmo usado. Com
-q, a superfície de Connolly pode ser gerada também em um .pdb arquivo onde os nós estão
representados como átomos e as arestas conectando os nós mais próximos como registros CONECT. -odg
permite a estimativa de energias livres de solvatação a partir de energias de solvatação por átomo por
superfície exposta.

O programa requer uma seleção para o cálculo da superfície a ser especificado com
-superfície. Deve sempre consistir em todos os átomos não solventes do sistema. A área de
este grupo é sempre calculado. Opcionalmente, -saída pode especificar seleções adicionais,
que devem ser subconjuntos do grupo de cálculo. As áreas acessíveis a solventes para estes
os grupos também são extraídos de toda a superfície.

A média e o desvio padrão da área ao longo da trajetória podem ser calculados por
resíduo e átomo (opções Ou e -oa).

Com o -televisão opção, o volume total e a densidade da molécula podem ser calculados. Com
-pbc (o padrão), você deve garantir que seu grupo de molécula / superfície não seja dividido entre
PBC. Caso contrário, você obterá resultados sem sentido. Considere também se o
o raio normal da sonda é apropriado neste caso ou se você preferir usar, por exemplo, 0.
É bom ter em mente que os resultados de volume e densidade são muito aproximados.
Por exemplo, no gelo Ih, pode-se facilmente encaixar moléculas de água nos poros que produziriam
um volume que é muito baixo e área de superfície e densidade que são muito altas.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória de entrada ou configuração única: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura de entrada: tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice extra

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (área.xvg)
Área total em função do tempo

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opcional)
Energia livre de solvatação estimada em função do tempo

Ou [<.xvg>] (resarea.xvg) (Opcional)
Área média por resíduo

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opcional)
Área média por átomo

-televisão [<.xvg>] (volume.xvg) (Opcional)
Volume total e densidade em função do tempo

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Opcional)
Arquivo PDB para superfície Connolly

Outras opções:

-b (0).
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0).
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0).
Use apenas o quadro se t MOD dt == primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgraça)
Formatação do gráfico: nenhum, xmgrace, xmgr

- [não] rmpbc (sim)
Faça moléculas inteiras para cada quadro

- [não] pbc (sim)
Use condições de limite periódicas para cálculo de distância

-sf
Fornece seleções de arquivos

-selrpos (átomo)
Posições de referência de seleção: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
inteiros_res_com, inteiros_res_cog, inteiros_mol_com, inteiros_mol_cog, part_res_com,
parte_res_cog, parte_mol_com, parte_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-sonda (0.14).
Raio da sonda de solvente (nm)

-pontos (24).
Número de pontos por esfera, mais pontos significam mais precisão

- [não] prot (sim)
Envie a proteína para o Connolly .pdb arquivo também

-dgs (0).
Valor padrão para energia livre de solvatação por área (kJ / mol / nm ^ 2)

-superfície
Seleção de cálculo de superfície

-saída
Seleção (ões) de saída

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