Este é o comando gt-chseqids que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
gt-chseqids - Alterar ids de sequência pelo mapeamento fornecido em um arquivo de mapeamento.
SINOPSE
gt chseqids [opção ...] mapeamento_arquivo [GFF3_arquivo]
DESCRIÇÃO
-ordenar [sim | não]
classificar os recursos GFF3 após alterar os ids de sequência (o consumo de memória é
proporcional ao tamanho do arquivo de entrada) (padrão: não)
-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)
-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)
-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)
-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)
-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)
-Socorro
exibir ajuda e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
Formato de arquivo para mapping_file:
O arquivo de mapeamento fornecido define uma tabela de mapeamento chamada “chseqids”. Ele mapeia o
entradas de região de sequência fornecidas no GFF3_file para outros nomes. Pode ser definido como
segue:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Quando este exemplo é usado, todos os ids de sequência "chr1" serão alterados para "seq1" e todos
ids de sequência “chr2” a “seq2”.
RELATÓRIOS INSETOS
Reportar bugs para[email protegido]>.
Use gt-chseqids online usando serviços onworks.net
