Este é o comando gt-csa que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gt-csa - Transforma alinhamentos emendados do arquivo GFF3 em alinhamentos emendados de consenso.
SINOPSE
gt CSA [opção ...] [GFF3_file]
DESCRIÇÃO
-comprimento [valor]
definir comprimento de junção para o agrupamento de alinhamento emendado (padrão: 300)
-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)
-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)
-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)
-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)
-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)
-Socorro
exibir ajuda e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
EXEMPLO:
Vamos supor que temos um arquivo GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 contendo o
seguindo quatro alinhamentos emendados sobrepostos (representados como genes com exões como
crianças):
## gff-version 3
## sequência-região seq 1 290
seq. gene 1 209. +. ID = gene1
seq. exão 1 90. +. Pai = gene1
seq. exão 110 190. +. Pai = gene1
seq. exão 201 209. +. Pai = gene1
# # #
seq. gene 1 290. +. ID = gene2
seq. exão 1 90. +. Pai = gene2
seq. exão 101 190. +. Pai = gene2
seq. exão 201 290. +. Pai = gene2
# # #
seq. gene 10 290. +. ID = gene3
seq. exão 10 90. +. Pai = gene3
seq. exão 110 190. +. Pai = gene3
seq. exão 201 290. +. Pai = gene3
# # #
seq. gene 181 290. +. ID = gene4
seq. exão 181 190. +. Pai = gene4
seq. exão 201 290. +. Pai = gene4
# # #
Para calcular os alinhamentos emendados de consenso, chamamos:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Que retorna:
## gff-version 3
## sequência-região seq 1 290
gene csa seq gt 1 290. +. ID = gene1
seq gt csa mRNA 1 290. +. ID = mRNA1; Pai = gene1
seq gt csa exon 1 90. +. Pai = mRNA1
seq gt csa exon 110 190. +. Pai = mRNA1
seq gt csa exon 201 290. +. Pai = mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290. +. ID = mRNA2; Pai = gene1
seq gt csa exon 1 90. +. Pai = mRNA2
seq gt csa exon 101 190. +. Pai = mRNA2
seq gt csa exon 201 290. +. Pai = mRNA2
# # #
Como se pode ver, eles foram combinados em um alinhamento emendado de consenso (representado como
genes com mRNAs como crianças, que por sua vez têm exons como crianças) com duas alternativas
formas de emenda. O primeiro e o terceiro alinhamento emendado foram combinados no primeiro
forma de emenda alternativa (mRNA1) e o segundo e o quarto alinhamento de emenda em
a segunda forma de splice alternativa (mRNA2).
Como se pode ver, o segundo exon da primeira forma de emenda alternativa é mais curto do que o
exão correspondente da segunda forma de emenda alternativa.
RELATÓRIOS INSETOS
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