gtf2gff3p - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gtf2gff3 - Converte arquivos formatados GTF em arquivos GFF3 válidos

VERSÃO

Este documento descreve a versão 0.1

SINOPSE

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file> gff3_file

DESCRIÇÃO

Este script converterá arquivos formatados em GTF em arquivos formatados GFF3 válidos. Vai mapear
o valor na coluna 3 (coluna \ "tipo \") para SO válido, mas porque muitos termos não padrão
pode aparecer nessa coluna em arquivos GTF, você pode editar o arquivo de configuração para fornecer seu próprio
Recurso GTF para mapeamento SO. O script também construirá modelos de genes a partir de exons, CDSs e
outros recursos fornecidos no arquivo GTF. Atualmente é testado em Ensemble e Twinscan
GTF, e deve funcionar em qualquer outro arquivo que siga a mesma especificação. Faz
não funciona em GTF do navegador de tabela UCSC porque esses arquivos usam o mesmo ID para gene
e transcrição, portanto, é impossível agrupar várias transcrições em um gene. Veja o
README que veio com o script para mais informações.

OPÇÕES:

--cfg
Fornece o nome do arquivo para um arquivo de configuração. Veja o arquivo de configuração fornecido com este
script para detalhes de formato. Use este arquivo de configuração para modificar o comportamento do
roteiro. Se nenhum arquivo de configuração for fornecido, ele procura por ./gtf2gff3.cfg, ~ / gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg nessa ordem.

--Socorro
Forneça uma mensagem de ajuda detalhada do estilo da página do manual e saia.

DIAGNÓSTICO

"ERRO: Atributos ausentes ou não padrão: parse_attributes"
Uma linha no arquivo GTF não tinha nenhum atributo ou sua coluna de atributos era
não analisável.

"ERROR: Non-transcript gene feature not supported. Entre em contato com o autor para obter suporte:
build_gene "
Este aviso indica que uma linha foi ignorada porque continha uma não transcrição
recurso gene, e o código não está atualmente equipado para lidar com esse tipo de recurso.
Isso provavelmente não é muito difícil de adicionar, então entre em contato se você receber este erro e
gostaria de ter esses recursos suportados.

"ERROR: Deve ter pelo menos exons ou CDSs para construir uma transcrição: build_trnsc"
Alguns recursos tinham um transcript_id, mas não havia exons ou CDSs associados a
esse transcript_id, portanto, o script não conseguiu construir uma transcrição.

"ERROR: conflito de seq_id: validate_and_finish_trnsc"
Foram encontrados dois recursos na mesma transcrição que não compartilhavam o mesmo seq_id.

"ERROR: conflito de origem: validate_and_finish_trnsc"
Foram encontrados dois recursos na mesma transcrição que não compartilhavam a mesma fonte.

"ERRO: conflito de tipo: validate_and_finish_trnsc"
Foram encontrados dois recursos na mesma transcrição que deveriam compartilhar o mesmo
digite e ainda assim eles não o fizeram.

"ERRO: conflito de vertente: validate_and_finish_trnsc"
Foram encontrados dois recursos na mesma transcrição que não compartilhavam a mesma vertente.

"ERROR: conflito seq_id: validate_and_build_gene"
Foram encontrados dois recursos no mesmo gene que não compartilhavam o mesmo seq_id.

"ERRO: conflito de origem: validate_and_build_gene"
Foram encontrados dois recursos no mesmo gene que não compartilhavam a mesma origem.

"ERRO: conflito de vertente: validate_and_build_gene"
Encontrou duas características dentro do mesmo gene que não compartilhavam a mesma fita.

"ERROR: conflito gene_id: validate_and_build_gene"
Foram encontrados dois recursos no mesmo gene que não compartilhavam o mesmo gene_id.

"FATAL: Não é possível abrir o arquivo GTF: file_name para leitura."
Não foi possível abrir o arquivo GTF para leitura.

"FATAL: Necessita de exons ou CDSs para construir transcrições: process_start"
Um recurso start_codon foi anotado e ainda não havia exons ou CDSs associados
com esse transcript_id, então o script falhou.

"FATAL: Código não testado em process_start. Contate o aurthor para suporte."
O script é escrito para inferir um códon inicial com base na presença de um UTR 5 ', mas nós
não tinha GTF de exemplo deste tipo quando escrevemos o código, então matamos o processo em vez
do que executar código não testado. Contate o autor para suporte.

"FATAL: Conjunto de recursos inválido: process_start"
Tentamos considerar todas as maneiras possíveis de inferir um códon de início ou inferir um não
gene codificador, e ainda assim falhamos. Sua combinação de características genéticas não faz
sentido para nós. Você nunca deve receber esse erro e, se o fizer, realmente gostaríamos de ver
o arquivo GTF que o gerou. Entre em contato com o autor para obter suporte.

"FATAL: Necessita de exons ou CDSs para construir transcrições: process_stop"
Um recurso stop_codon foi anotado e ainda não havia exons ou CDSs associados com
esse transcript_id, então o script falhou.

"FATAL: Código não testado em process_stop. Contate o aurthor para suporte."
O script é escrito para inferir um códon de parada com base na presença de um UTR 3 ', mas nós
não tinha GTF de exemplo deste tipo quando escrevemos o código, então matamos o processo em vez
do que executar código não testado. Contate o autor para suporte.

"FATAL: Conjunto de recursos inválido: process_stop"
Tentamos considerar todas as maneiras possíveis de inferir um códon de parada ou inferir um não
gene codificador, e ainda assim falhamos. Sua combinação de características genéticas não faz
sentido para nós. Você nunca deve receber esse erro e, se o fizer, realmente gostaríamos de ver
o arquivo GTF que o gerou. Entre em contato com o autor para obter suporte.

"FATAL: Conjunto de recursos inválido: process_exon_CDS_UTR"
Tentamos considerar todas as formas possíveis de inferir exons, CDSs e UTRs e ainda assim
fracassado. Sua combinação de características genéticas não faz sentido para nós. Você realmente
deve receber esse erro e, se o fizer, gostaríamos muito de ver o arquivo GTF que
gerou. Entre em contato com o autor para obter suporte.

"FATAL: Referência de matriz necessária: sort_features."
Um usuário não deve ser capaz de acionar esse erro. Quase certamente indica um
bug de software. Entre em contato com o autor.

"FATAL: Não é possível determinar a vertente em: sort_feature_types."
Isso pode indicar que seu arquivo GTF não indica a vertente para recursos que
exigir isso. Também pode indicar um bug de software. Entre em contato com o autor.

"FATAL: Referência de hash necessária: sort_feature_types."
Um usuário não deve ser capaz de acionar esse erro. Quase certamente indica um
bug de software. Entre em contato com o autor.

"FATAL: Valor inválido passado para strand: strand."
Isso pode indicar que seu arquivo GTF não indica a vertente para recursos que
exigir isso. Considere usar o parâmetro DEFAULT_STRAND no arquivo de configuração. Pode
também indicam um bug de software. Entre em contato com o autor.

CONFIGURAÇÃO E MEIO AMBIENTE

Um arquivo de configuração é fornecido com este script. O script irá procurar por isso
arquivo de configuração em ./gtf2gff3.cfg, ~ / gtf2gff3.cfg ou /etc/gtf2gff3.cfg nessa ordem.
Se o arquivo de configuração não for encontrado em um desses locais e um não for fornecido
por meio da sinalização --cfg, ele tentará escolher alguns padrões lógicos, mas você realmente deve fornecer
o arquivo de configuração. Veja o próprio arquivo de configuração fornecido, bem como o README
que veio com este pacote para formato e detalhes sobre o arquivo de configuração.

DEPENDÊNCIAS

Este script requer os seguintes pacotes perl que estão disponíveis no CPAN
(www.cpan.org).

Getopt :: Long; use Config :: Std;

INCOMPATIBILIDADES

Nenhum relatado.

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