GWAMA - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

GWAMA - Meta-análise de associação de todo o genoma

SINOPSE

GWAMA [opções]

DESCRIÇÃO

O software GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) realiza meta-análise do
resultados de estudos GWA de fenótipos binários ou quantitativos. Efeito fixo e aleatório
meta-análises são realizadas para SNPs diretamente genotipados e imputados usando estimativas
da razão de chance alélica e intervalo de confiança de 95% para características binárias, e estimativas de
o tamanho do efeito alélico e o erro padrão para fenótipos quantitativos. GWAMA pode ser usado
para analisar os resultados de todos os diferentes modelos genéticos (multiplicativos, aditivos,
dominante, recessivo). O software incorpora recursos de interceptação de erros para identificar
erros de alinhamento de fita e inversão de alelo, e realiza testes de heterogeneidade de
efeitos entre os estudos.

OPÇÕES

-i, --lista de arquivos=nome do arquivo
Especifique os arquivos de resultados dos estudos. Padrão = gwama.in

-o, --resultado=raiz do arquivo
Especifique a raiz do arquivo para a saída da análise. Padrão = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --aleatória
Use correção de efeito aleatório. Padrão = desativado

-gc, --genomic_control
Use o controle genômico para ajustar os arquivos de resultados dos estudos. Padrão = desativado

-gco, --genomic_control_output
Use o controle genômico no resumo da meta-análise (ou seja, os resultados da meta-análise são
corrigido para gc). Padrão = desativado

-qt, --quantitativo
Selecione a versão de característica quantitativa (colunas BETA e SE). Padrão = característica binária

-m, --mapa=nome do arquivo
Selecione o nome do arquivo para o mapa do marcador.

-t, --limiar=0-1
O limite do valor p para mostrar a direção nas direções do efeito de resumo. Padrão =
1

--no_aleles
Nenhuma informação de alelo foi fornecida. Esperando sempre o mesmo EA.

--indel_alelos
Os labes de alelos podem conter mais de uma letra. Sem verificações de fios.

--sexo Execute uma análise diferenciada por gênero e uma análise de heterogeneidade de gênero (método descrito em
papel Magi, Lindgren & Morris 2010). As informações de gênero devem ser fornecidas no arquivo da lista de arquivos.
(a segunda coluna após os nomes dos arquivos é M ou F).

--nome_marcador
Cabeçalho alternativo para o nome do marcador col.

--nome_strand
Cabeçalho alternativo para coluna de vertente.

--nome_n
Cabeçalho alternativo para a coluna de tamanho de amostra.

--name_ea
Cabeçalho alternativo para efetuar a coluna de alelo.

--name_nea
Cabeçalho alternativo para coluna de alelo sem efeito.

--name_eaf
Cabeçalho alternativo para efetuar a coluna de frequência de alelo.

--nome_beta
Cabeçalho alternativo para coluna beta.

--nome_se
Cabeçalho alternativo para std. errar. col.

--nome_ou
Cabeçalho alternativo para a coluna OR.

--name_or_95l
Cabeçalho alternativo para a coluna OR 95L.

--name_or_95u
Cabeçalho alternativo para a coluna OR 95U.

-h, --Socorro
Imprima esta ajuda.

-v, --versão
Imprime o número da versão GWAMA. Esta página do manual deve ser insuficiente. Por favor, use o
opção de ajuda para um rápido lembrete das opções do gwama ou vá para sua página inicial
com a documentação online ou o manual para download.

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