hhconsensus - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hhconsensus - calcula a sequência de consenso para um arquivo de entrada A3M / FASTA

SINOPSE

hhconsenso -i [opções]

DESCRIÇÃO

HHconsensus versão 2.0.16 (janeiro de 2013) Calcule a sequência de consenso para um
Arquivo de entrada A3M / FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A e Soding J. HHblits: iterativo ultrarrápido
sequência de proteínas pesquisando por alinhamento HMM-HMM. Nat. Methods 9: 173-175 (2011).

-i
alinhamento de consulta (A2M, A3M ou FASTA) ou consulta HMM

saída opções:
-s
anexar sequência de consenso em FASTA (padrão = )

-o
escreva o alinhamento com a sequência de consenso em A3M

-oa3m
mesmo

-oa2m
escreva o alinhamento com a sequência de consenso em A2M

-como de
escreva o alinhamento com a sequência de consenso em FASTA

-v
modo detalhado: 0: sem saída de tela 1: apenas advertências 2: detalhado

filtros entrada alinhamento (opções pode be combinado):
-Eu iria [0,100] identidade de sequência de pares máxima (%) (def = 100)

-dif [0, inf [filtram o conjunto mais diverso de sequências, mantendo pelo menos este

muitas sequências em cada bloco de> 50 colunas (def = 0)

-cov [0,100] cobertura mínima com consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidade de sequência mínima com consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] pontuação mínima por coluna com consulta (definição = -20.0)

Entrada alinhamento formato:
-M a2m usa A2M / A3M (padrão): maiúsculas = Match; minúsculas = inserir; '-' = Excluir; '.' =
lacunas alinhadas às inserções (podem ser omitidas)

-M primeiro
use FASTA: colunas com resíduo na 1ª sequência são estados de correspondência

-M [0,100]
use FASTA: colunas com menos de X% de lacunas são estados de correspondência

Outros opções:
-adiciona adicionar informações de estrutura secundária prevista de PSIPRED

Exemplo: hhconsensus -i stdin -s stdout

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