hmmemit - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hmmemit - sequências de amostra de um perfil HMM

SINOPSE

hummemita [opções] arquivo hmm

DESCRIÇÃO

A hummemita programa amostras (emite) sequências do perfil HMM (s) em arquivo hmm e
grava-os na saída. As sequências de amostragem podem ser úteis para uma variedade de propósitos,
incluindo a criação de verdadeiros positivos sintéticos para benchmarks ou testes.

O padrão é amostrar uma sequência não alinhada do modelo de probabilidade central, que
significa que cada sequência consiste em um domínio de comprimento total. Alternativamente, com o -c
opção, você pode emitir uma sequência de consenso de regra de maioria simples; ou com o -a opção, você
pode emitir um alinhamento (nesse caso, você provavelmente também deseja definir -N para outra coisa
do que seu padrão de 1 sequência por modelo).

Como outra opção, com o -p opção, você pode experimentar uma sequência de um totalmente configurado
Perfil de pesquisa HMMER. Isso significa amostrar uma "sequência homóloga" pela definição do HMMER,
incluindo sequências de flanqueamento não homólogas, alinhamentos locais e múltiplos domínios por
seqüência, dependendo do modelo de comprimento e modo de alinhamento escolhido para o perfil.

A arquivo hmm pode conter uma biblioteca de HMMs, caso em que cada HMM será usado por sua vez.

pode ser '-' (traço), o que significa ler esta entrada de stdin em vez de um arquivo.

COMUM OPÇÕES

-h Ajuda; imprimir um breve lembrete do uso da linha de comando e todas as opções disponíveis.

-o Direcione as sequências de saída para o arquivo , ao invés de stdout.

-N Amostra sequências por modelo, em vez de apenas uma.

OPÇÕES CONTROLANDO O QUE TO EMITIR

O padrão é amostrar N sequências do modelo principal. Alternativamente, você pode escolher
uma (e apenas uma) das alternativas a seguir.

-a Emita um alinhamento para cada HMM no arquivo hmm ao invés de amostrar desalinhado
sequências uma de cada vez.

-c Emita uma sequência de consenso de regra de pluralidade, em vez de amostrar uma sequência do
perfil de distribuição de probabilidade do HMM. A sequência de consenso é formada por
selecionar o resíduo de probabilidade máxima em cada estado de correspondência.

-C Emita uma sequência de consenso de regra de pluralidade mais sofisticada do que a -c opção. Se o máximo
resíduo de probabilidade tem p mínimo mostre-o como um resíduo 'qualquer' em caixa baixa (n ou x); E se
p> = mínimo e minu mostre-o como um resíduo em minúsculas; e se p> = minu mostre como
um resíduo em maiúsculas. As configurações padrão de minu e mínimo são ambos 0.0, que
significa -C dá a mesma saída que -c a menos que você também defina minu e mínimo para o que você
quer.

-p Amostra sequências não alinhadas do perfil de pesquisa implícito, não do núcleo
modelo. O modelo central consiste apenas nos estados homólogos (entre o início
e estados finais de um modelo HMMER Plan7). O perfil inclui o N não homólogo,
Estados C e J, configuração de algoritmo local / glocal e uni / multihit, e o
modelo de comprimento alvo. Portanto, as sequências amostradas de um perfil podem incluir
sequências não homólogas, bem como homólogas, e podem conter mais de um
segmento de sequência homóloga. Por padrão, o perfil está no modo local multihit e
o comprimento da sequência alvo é configurado para L = 400.

OPÇÕES CONTROLANDO EMISSÃO A PARTIR DE PERFIS

Essas opções exigem que você defina o -p opção.

-L Configure o modelo de comprimento de sequência alvo do perfil para gerar um comprimento médio de
aproximadamente em vez do padrão de 400.

--local
Configure o perfil para alinhamento local multihit.

--unilocal
Configure o perfil para alinhamento local unihit (Smith / Waterman).

--glocal
Configure o perfil para alinhamento glocal multihit.

--unilocal
Configure o perfil para alinhamento glocal unihit.

OPÇÕES CONTROLANDO CHIQUE CONSENSO EMISSÃO

Essas opções exigem que você defina o -C opção.

--min
Define o mínimo limite para mostrar resíduos fracamente conservados como minúsculas. (0 <=
x <= 1)

--minuto
Define o minu limite para mostrar resíduos fortemente conservados em maiúsculas. (0
<= x <= 1)

OUTROS OPÇÕES

--semente
Semeie o gerador de números aleatórios com , um inteiro> = 0. Se é diferente de zero, qualquer
simulações estocásticas serão reproduzíveis; o mesmo comando dará o mesmo
resultados. Se é 0, o gerador de números aleatórios é semeado arbitrariamente e
as simulações estocásticas variam de execução para execução do mesmo comando. O padrão
é 0: use uma semente arbitrária, tão diferente hummemita corridas irão gerar diferentes
amostras.

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