hmmfetch - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hmmfetch - recupera o perfil HMM (s) de um arquivo

SINOPSE

hmmfetch [opções]
(recupera HMM nomeado )

hmmfetch -f [opções]
(recupera todos os HMMs listados em )

hmmfetch --índice [opções]
(índices para buscar)

DESCRIÇÃO

Recupera rapidamente um ou mais HMMs de perfil de um (um grande banco de dados Pfam, para
exemplo).

Para velocidade máxima, o deve ser indexado primeiro, usando hmmfetch --índice. O
índice é um arquivo binário chamado .ssi. No entanto, isso é opcional, e a recuperação irá
ainda funcionam a partir de arquivos não indexados, embora muito mais lentamente.

O modo padrão é recuperar um único perfil por nome ou acesso, chamado de .
Por exemplo:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Com o -f opção, um contendo uma lista de uma ou mais chaves é lida em seu lugar.
O primeiro campo delimitado por espaço em branco em cada linha não em branco e não de comentário do
é usado como um , e todos os dados restantes na linha são ignorados. Isso permite uma variedade
de arquivos de dados delimitados por espaços em branco para serem usados ​​como s.

Ao usar -f e de um , Se arquivo hmm foi indexado, as chaves são recuperadas no
ordem em que ocorrem no arquivo-chave, mas se arquivo hmm não é indexado, as chaves são recuperadas no
ordem em que ocorrem no arquivo hmm. Este é um efeito colateral de uma implementação que permite
várias chaves a serem recuperadas, mesmo se o é um fluxo não fermentável, como um
tubo de entrada padrão.

Em uso normal (sem --índice or -f opções), pode ser '-' (traço), o que significa
lendo a entrada de stdin em vez de um arquivo. Com o --índice opção, não pode
ser '-'; não faz sentido indexar um fluxo de entrada padrão. Com o -f opção,
ou or (mas não ambos) pode ser '-'. Muitas vezes é particularmente útil
ler da entrada padrão, porque isso permite o uso de comandos arbitrários
invocações de linha para criar uma lista de nomes HMM ou acessos, em seguida, busque-os todos para um novo
arquivo, apenas com um comando.

Por padrão, os HMMs buscados são impressos na saída padrão no formato HMMER3.

OPÇÕES

-h Ajuda; imprimir um breve lembrete do uso da linha de comando e todas as opções disponíveis.

-f O segundo argumento da linha de comando é um em vez de um único . O
primeiro campo em cada linha do é usado como uma recuperação (um nome HMM
ou adesão). Linhas em branco e linhas de comentário (que começam com um caractere #) são
ignorado.

-o Saída de HMM (s) para o arquivo em vez de saída padrão.

-O Saída HMM (s) para arquivo (s) individual (is) nomeado (s) em vez de saída padrão. Com
que o -f opção, isso pode resultar na criação de muitos arquivos.

--índice
Em vez de recuperar um ou mais perfis de , indexe o para
recuperações futuras. Isso cria um .ssi arquivo de índice binário.

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