HPCdaligner - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

HPCdaligner - gera um script para executar daligner(1)

SINOPSE

HPCdaligner [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-eduplo (70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mpista] + [-dalint(4)] [-grausint(25)] caminho: db | dam
[primeiro: int[-último: int]]

DESCRIÇÃO

HPCdaligner grava um script de shell UNIX na saída padrão que consiste em uma sequência
de comandos que efetivamente executam daligner(1) em todos os pares de blocos de um banco de dados dividido
e, em seguida, os classifica e mescla externamente usando LA Sort(1) e LAmerge(1) em uma coleção
de arquivos de alinhamento com nomes caminho. #. las onde # varia de 1 ao número de blocos do
banco de dados é dividido em. Esses arquivos classificados se concatenados por digamos LAcat(1) conteria
todos os alinhamentos em ordem classificada (de a-read, b-read e assim por diante). Além disso, todos
as sobreposições para uma determinada leitura não serão divididas entre os arquivos, para que seja possível executar
analisadores de artefatos ou correção de erros em cada arquivo classificado em paralelo.

O banco de dados deve ter sido previamente dividido por Divisão de banco de dados(1) e todos os parâmetros, exceto
-v, -dal e -graus, são passados ​​para as chamadas para daligner(1). Os padrões para
esses parâmetros são como para daligner(1) o -v sinalizador, para o modo detalhado, também é passado para
todas as chamadas para LA Sort(1) e LAmerge(1). -dal e -graus as opções são descritas posteriormente.

Para um banco de dados dividido em N sub-blocos, as chamadas para daligner(1) produzirá no total
Arquivos 2TN ^ 2 .las assumindo que o daligner é executado com T threads. Estes serão então classificados e
fundidos em N ^ 2 arquivos classificados .las, um para cada par de blocos. Estes são, então, mesclados em
ceil (log_deg N) fases onde o número de arquivos diminui geometricamente em -graus até
há 1 arquivo por linha da matriz de bloco N x N. Então, no final, um tem N classificado .las
arquivos que, quando concatenados, gerariam um único arquivo de sobreposição grande e classificado.

A -dal opção (padrão 4) dá o número desejado de comparações de bloco por chamada para
daligner(1). Alguns devem conter dal-1 comparações, e a primeira dal-2 comparações de bloco
ainda menos, mas o HPCdaligner "planejador" faz o melhor que pode para dar uma carga média de
comparações de blocos dal por comando. o -graus opção (padrão 25) dá o número máximo
de arquivos que serão mesclados em um único LAmerge(1) comando. O planejador tira o máximo proveito
até mesmo a árvore k-ária de mesclagens, onde o número de níveis é ceil (log_deg N).

Se os inteiros primeiro e último estão faltando, então o script produzido é para cada bloco em
o banco de dados. Se primeiro está presente então HPCdaligner produz um script incremental que
compara blocos primeiro NFT`s último (último = primeiro se não estiverem presentes) uns contra os outros e
todos os blocos anteriores de 1 a primeiro-1 e, em seguida, atualiza incrementalmente os arquivos .las para
blocos 1 a primeiro-1, e cria os arquivos .las para os blocos primeiro NFT`s último.

Cada saída de linha de comando do UNIX pelo HPCdaligner pode ser um trabalho em lote (usamos o &&
operador para combinar vários comandos em uma linha para que isso aconteça). Dependências entre
trabalhos podem ser mantidos simplesmente executando primeiro todos os daligner(1) empregos, então todos os
trabalhos de classificação inicial e, em seguida, todos os trabalhos em cada fase da classificação de mesclagem externa. Cada
dessas fases é separada por uma linha de comentário informativo para o seu script
conveniência.

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