HPCmapper - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

HPCmapper - gera um script para mapear leituras

SINOPSE

HPCmapperName [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-eduplo (85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mpista] + [-dalint(4)] [-grausint(25)]
ref: db | dam lê: db | dam [primeiro: int[-último: int]]

DESCRIÇÃO

HPCmapperName grava um script de shell UNIX na saída padrão que consiste em uma sequência de
comandos que efetivamente "mapeiam" cada leitura no banco de dados lê contra um conjunto de referência de
sequências no banco de dados ref, gravando todos os alinhamentos locais encontrados na sequência de arquivos
ref.reads.1.las, ref.reads.2.lase assim por diante, onde ref.reads.k.las contém os alinhamentos
entre tudo de ref e o bloco k'th de lê. Os parâmetros são exatamente os mesmos que
para HPCdaligner(1) salve que o -k, -h e -e os padrões são definidos apropriadamente para
mapeamento, e o -A e -I opções não fazem sentido, pois ref e lê espera-se que seja
conjuntos de dados distintos.

Se os inteiros primeiro e último estão faltando, então o script produzido é para cada bloco em
o banco de dados lê. Se primeiro está presente então HPCmapperName produz um script que compara
blocos primeiro NFT`s último (último = primeiro se não estiver presente) contra DAM ref.

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