idfetch - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

idfetch - recupera dados biológicos do servidor NCBI ID1

SINOPSE

busca de identificação [-] [-F str] [-G nome do arquivo] [-Q nome do arquivo] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nome do arquivo] [-n] [-o nome do arquivo] [-q str] [-s str] [-t N]

DESCRIÇÃO

busca de identificação é um cliente para o servidor ID1 do NCBI, que contém um grande banco de dados de anotações
sequências biológicas.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo.

- Imprimir mensagem de uso

-F str Adicione os tipos de recursos especificados (delimitados por vírgulas); os valores permitidos são CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA e microRNA.

-G nome do arquivo
Arquivo com lista de IGs, acessos (com versão), FASTA SeqIDs para despejar

-Q nome do arquivo
Gerar lista de GI por consulta Entrez em nome do arquivo; requer -dn or -dp.

-c N Complexidade máxima:
0 obtém o blob inteiro (padrão)
Eu recebo o bioseq de interesse
2 obtenha o conjunto de bioseq mínimo contendo o bioseq de interesse
3 obtenha o nuc-prot mínimo contendo a bioseq de interesse
4 obtenha o conjunto mínimo de pubs contendo o bioseq de interesse

-d str Banco de dados para usar (com -q, pode ser qualquer um n para nucleotídeos ou p para proteínas).

-e N Número da entidade (número de recuperação) para despejar

-f str SeqId achatado. Formatos possíveis:
tipo([nome] [, [adesão] [, [liberar] [,versão]]]) como '5 (HUMHBB)'
tipo=adesão
tipo:número
(tipo é um número que indica o subtipo ASN.1 Seq-id.)

-g N ID de GI para entidade única para despejar

-i N Tipo de pesquisa:
0 get Seq-entry (padrão)
1 get GI state (saída para stderr)
2 obter SeqIds
3 obter histórico de GI (apenas mudança de sequência)
4 obter histórico de revisão (qualquer mudança no ASN.1)

-l nome do arquivo
Arquivo de log

-n Produza apenas a lista de IGs (com -q e -Q).

-o nome do arquivo
Nome do arquivo para saída (padrão = stdout)

-q str Gerar lista de gi por consulta Entrez. Requer -dn or -dp.

-s str Estilo FASTA SeqId INCLUÍDO NAS CITAÇÕES. Formatos:
lcl |int or str
bbs |int
bbm |int
gb |acc|loc
emb |acc|loc
pir |acc|nome
sp |acc|nome
pat |país|patente|seq
gi |int
dbj |acc|loc
prf |acc|nome
pdb |entrada|cadeia

-t N Tipo de saída:
1 texto ASN.1 (padrão)
2 ASN.1 binário
3 GenBank (apenas entrada Seq)
4 GenPept (apenas entrada Seq)
5 FASTA (tabela para histórico)
6 pontuações de qualidade (somente entrada Seq)
7 Entrez DocSums
8 complemento reverso FASTA

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