img2dcm - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

img2dcm - Converte formatos de imagem padrão em formato DICOM

SINOPSE

img2dcm [opções] imgfile-in dcmfile-out

DESCRIÇÃO

A img2dcm ferramenta serve como uma ferramenta de conversão de um formato de imagem padrão como JPEG ou BMP
para DICOM. Diferentes classes SOP de saída podem ser selecionadas. As informações adicionais
(em relação aos pacientes, séries, etc.) armazenados no arquivo de saída DICOM podem ser extraídos de
outros arquivos DICOM que servem como um 'modelo' para o objeto DICOM resultante. img2dcm pode
também pode ser configurado para inventar atributos DICOM tipo 1 e tipo 2 ausentes para funcionar mesmo
sem qualquer conjunto de dados de modelo.

PARÂMETROS

arquivo de imagem imgfile-in a ser importado

arquivo de saída DICOM dcmfile-out

OPÇÕES

geral opções
-h --ajuda
imprima este texto de ajuda e saia

--versão
imprimir informações da versão e sair

- argumentos
imprimir argumentos de linha de comando expandidos

-q --quieto
modo silencioso, não imprime avisos e erros

-v --verboso
modo detalhado, detalhes de processamento de impressão

-d --depurar
modo de depuração, imprimir informações de depuração

-ll --log-level [l] evel: constante de string
(fatal, erro, aviso, informação, depuração, rastreamento)
use o nível l para o logger

-lc --log-config [f] ilename: string
use o arquivo de configuração f para o logger

entrada opções
geral:

-i --input-format [i] formato do arquivo de entrada: string
formatos suportados: JPEG (padrão), BMP

-df --dataset-from [f] ilename: string
usar conjunto de dados do arquivo DICOM f

-stf --study-from [f] ilename: string
ler paciente / estudo do arquivo DICOM f

-sef --series-from [f] ilename: string
ler paciente / estudo / série do arquivo DICOM f

-ii --instance-inc
aumentar o número da instância lida do arquivo DICOM

Formato JPEG:

-dp --disable-progr
desabilitar suporte para JPEG progressivo

-de --disable-ext
desabilitar suporte para JPEG sequencial estendido

-jf --insistir-em-jfif
insista na existência do cabeçalho JFIF

-ka --keep-appn
manter seções APPn (exceto JFIF)

em processamento opções
verificação de atributo:

--do-verifica
habilitar verificação de validade de atributo (padrão)

--sem verificações
desabilitar verificação de validade de atributo

+ i2 --inserir-type2
inserir atributos de tipo 2 ausentes (padrão)
(apenas com --do-checks)

-i2 --no-type2-inserir
não insira atributos de tipo 2 ausentes
(apenas com --do-checks)

+ i1 --invent-type1
inventar atributos de tipo 1 ausentes
(apenas com --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
não invente atributos de tipo 1 ausentes
(apenas com --do-checks)

conjunto de caracteres:

+ l1 --latin1
definir latin-1 como conjunto de caracteres padrão (padrão)

-l1 --no-latin1
manter ASCII de 7 bits como conjunto de caracteres padrão

outras opções de processamento:

-k --key [k] ey: gggg, eeee = "str", caminho ou nome do dicionário = "str"
adicionar mais atributo

saída opções
classe SOP alvo:

-sc --sec-captura
escrever classe SOP de captura secundária

-nsc --novo-sc
escrever novas classes SOP de captura secundária

-vlp --vl-foto
escrever classe de SOP fotográfico de luz visível (padrão)

formato de arquivo de saída:

+ F - escrever arquivo
escrever formato de arquivo (padrão)

-F --write-conjunto de dados
gravar conjunto de dados sem informações de meta do arquivo

codificação de comprimento de grupo:

+ g = --grupo-comprimento-recálculo
recalcular comprimentos de grupo, se presente (padrão)

+ g - group-length-create
sempre escreva com elementos de comprimento de grupo

-g --group-length-remove
sempre escreva sem elementos de comprimento de grupo

codificação de comprimento em sequências e itens:

+ e - comprimento-explícito
escrever com comprimentos explícitos (padrão)

-e --comprimento-indefinido
escrever com comprimentos indefinidos

preenchimento final do conjunto de dados (não com --write-dataset):

-p --padding-off
sem preenchimento (implícito se --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: inteiro
alinhar o arquivo em múltiplos de f bytes
e itens em múltiplos de i bytes

NOTAS

Atributo Fontes
Para converter um formato de imagem geral em formato DICOM, o img2dcm aplicação pode ser
alimentado com alguma entrada adicional para preencher atributos obrigatórios (e opcionais) no novo
Arquivo DICOM com informações do paciente, estudo e série. Essas informações podem ser coletadas
usando diferentes abordagens, que podem ser combinadas e aplicadas ao arquivo de resultado em
a seguinte ordem:

· Usando o --dataset-from opção img2dcm é forçado a importar atributos de um existente
Arquivo DICOM. O arquivo DICOM fornecido é totalmente importado e serve como base para todos
outras operações de exportação. Como exceção, o UID da instância SOP não é copiado por este
opção. Além disso, dados relacionados à imagem, como linhas, colunas, etc., são trocados durante a conversão.
Observe que img2dcm não verifica a validade de nenhum outro valor de atributo, por exemplo, faz
não olhar para as sequências para adaptar quaisquer atributos ao novo objeto (imagens referenciadas
etc.). Portanto, é recomendável usar os modelos no diretório de dados para (antigo)
Objetos SC e VLP. Consulte também a seção 'Modelos de entrada'.
· O --estudo-de e --série-de opções (mutuamente exclusivas) podem ser usadas para importar
paciente, estudo e série de informações de um arquivo DICOM existente. Se --série-de is
especificado, então o arquivo DICOM fornecido é aberto por img2dcm e todas as informações obrigatórias
até o nível da série é importado. Observe que isso inclui paciente, estudo e série
em formação. No caso de --estudo-de, as informações da série são excluídas. A seguir
atributos são assumidos:
Nível do paciente:
Nome do paciente
ID do paciente
Sexo do paciente
Data de Nascimento do Paciente
Conjunto de Caracteres Específicos

Nível de estudo:
UID da instância de estudo
Data de Estudo
Tempo de estudo
Nome do médico de referência
ID do estudo
Número de acesso

Nível de série (apenas no caso da opção --series-from):
UID de instância de série
Número da Série
Fabricante
· Com o --insert-type2 e --invent-type1 opções (ambos habilitados por padrão), ausentes
atributos (atributos do tipo 2) e / ou valores de atributos ausentes (para atributos do tipo 1)
são automaticamente adicionados e inventados por img2dcm. Observe que essas opções são apenas
avaliado se opção --do-verifica está habilitado (padrão). Se o --sem verificações opções são
habilitado, nenhuma inserção automática de atributo ocorrerá.
· O --chave A opção pode ser usada para adicionar outros atributos ao arquivo de saída DICOM. Isto
opção é aplicada no final, antes de salvar o arquivo DICOM. Isso é também
possível especificar sequências, itens e atributos aninhados usando o --chave opção. No
nesses casos, uma notação especial de 'caminho' deve ser usada. Os detalhes desta notação de caminho podem
ser encontrado na documentação de dcmodificar.
UIDs
Novos UIDs de instância de estudo e série são gerados if necessário depois de aplicar o --estudar-
da e --Series opções. Se o UID da instância do estudo ou o UID da instância da série não estiverem presentes
após essas etapas, eles são gerados novamente, independentemente uns dos outros. Um contrário
comportamento é escolhido para o UID da instância SOP que se poderia esperar que fosse assumido quando
usando o --dataset-from opção. Isto é não o caso, o UID da instância SOP é não copiado
para o novo objeto. Este deve ser o comportamento desejável para a maioria dos casos de uso. No entanto, se um
determinado UID de instância SOP deve ser inserido no novo objeto, o --chave opção deveria
ser usado.
Entrada Modelos
Para apoiar a conversão em DICOM, img2dcm vem com alguns modelos pré-definidos
que pode ser usado para o --dataset-from opção (veja os arquivos de amostra SC.dump e VLP.dump).
Esses modelos devem ser preenchidos com os valores desejados e, em seguida, devem ser despejados
(convertido) para um arquivo DICOM antes de realmente ser usado com img2dcm. Usar despejar2dcm para
converter o dump em DICOM. Exemplo:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

É possível usar qualquer arquivo DICOM como modelo. Observe que o DICOM completo
o conjunto de dados é importado; portanto, deve-se garantir que apenas os atributos estão presentes
deve fazer parte do objeto DICOM construído. O UID de classe SOP e os dados de pixel
atributos (incluindo atributos como linhas, colunas, etc.) não são copiados, mas substituídos por
img2dcm durante a conversão.
Entrada Plugins
A img2dcm o aplicativo atualmente suporta o formato de imagem JPEG e BMP como entrada.
JPEG Entrada Plugin
Para JPEG, o JPEG original do arquivo de origem não é decodificado, mas extraído e ligeiramente
transformado (por exemplo, o cabeçalho JFIF é cortado) para permitir a conversão rápida mesmo de arquivos JPEG grandes
sem a necessidade de decodificação e recodificação. O plugin JPEG escolhe a saída necessária
transferir sintaxe automaticamente dependendo da codificação real dos dados dentro do JPEG
Arquivo. Portanto, as seguintes sintaxes de transferência (e suas codificações JPEG correspondentes)
são usados ​​pelo plugin JPEG:
· Processo de codificação JPEG 1 Linha de base, com perdas, não hierárquica, sequencial, DCT, Huffman, 8 bits
Classe SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Processo de codificação JPEG 2 (8 bits) e 4 (12 bits) Estendido, com perdas, não hierárquico,
Sequencial, DCT, Huffman, Classe SOP de 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Processo de codificação JPEG 10 (8 bits) e 12 (12 bits) Progressão completa, com perdas, não hierarquizado.,
Progressivo, DCT, Huffman, Classe SOP de 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Imagens coloridas e em tons de cinza são suportadas.
O suporte para a sintaxe de transferência de JPEG estendido pode ser desativado (--disable-ext opção)
bem como o suporte para a sintaxe de transferência progressiva de JPEG (aposentada) (--disable-progr
opção).
A codificação JPEG sem perdas, bem como quaisquer modos aritméticos ou hierárquicos de codificação JPEG são
não é compatível com o plugin.
As informações JFIF (JPEG File Interchange Format) facilitam os marcadores APPn opcionais em um
Arquivo JPEG. Muitas câmeras digitais não integram essas informações JFIF no JPEG
saída que eles criam. Por exemplo, JFIF contém informações sobre a proporção de pixel de
a imagem compactada. Se você quer o img2dcm aplicativo para insistir em um cabeçalho JFIF em
o fluxo JPEG, você pode usar a opção --insistir-em-jfif que irá abortar se não houver JFIF
informações podem ser encontradas. Por padrão, as informações JFIF ausentes são ignoradas.
Para DICOM é uma espécie de 'zona cinza', seja a integração de JFIF (ou qualquer outro APPn)
dados no fluxo JPEG interno do objeto DICOM são permitidos ou não. No entanto, a maioria
Uma abordagem confiável é cortar esses marcadores e suas informações do fluxo JPEG. Isto
abordagem também é adotada pelo img2dcm aplicativo. Por padrão, todos os marcadores APPn são cortados
fora do fluxo JPEG original. No entanto, se você quiser manter outros marcadores APPn que não
JFIF (por exemplo, informações EXIF) dentro do fluxo DICOM, a opção --keep-appn faz o
truque. Também deve ser um pouco mais rápido do que cortar as informações de APPn, porque é
não é necessário varrer todo o fluxo JPEG para esses dados. A informação JFIF é sempre
removido por img2dcm.
BMP Entrada Plugin
img2dcm suporta BMP como formato de entrada. No entanto, até agora, apenas as imagens BMP mais comuns são
suportado. Em particular, as imagens BMP que usam campos de bits ou codificação de comprimento de execução serão
rejeitado. Essas imagens são incomuns. Todas as imagens de entrada serão convertidas em uma imagem DICOM
com modelo de cores RGB e uma profundidade de bits de 24. Não há opções específicas para o ajuste fino
Conversão de formato BMP.
saída Plugins
A classe SOP de saída desejada pode ser selecionada na linha de comando. Atualmente, uma exportação
plugin para a classe SOP de imagem de captura secundária (padrão, opção -sc), o novo Secundário
Capture Image classes SOP (opção -nsc) e classe SOP de imagem fotográfica de luz visível
(opção -vl) Estão disponíveis. Observe que o primeiro está obsoleto de acordo com o
Padrão DICOM, mas é selecionado como padrão porque é amplamente suportado. Futuro
versões img2dcm pode fornecer plug-ins de saída adicionais para outras classes SOP.
Para as novas classes SOP de Captura Secundária, não é possível especificar quais
A classe SOP deve ser usada para saída. Isso ocorre porque essas novas classes SOP são
diferenciados uns dos outros pela profundidade de cor (1/8/16) e o fato de se a imagem é
preto / branco ou colorido. É por isso que img2dcm decide durante a conversão, qual saída SOP
classe é adequada para uma determinada imagem de origem.

EXEMPLOS

Aqui estão alguns exemplos que mostram como o img2dcm aplicativo pode ser usado.
1. img2dcm imagem.jpg saída.dcm
Leia o arquivo JPEG 'image.jpg', converta para a classe SOP de Captura Secundária antiga e salve
o resultado para o arquivo DICOM 'out.dcm'. Esta é a maneira mais fácil de usar img2dcm. Qualquer tipo
Os atributos 1 e tipo 2 necessários para escrever objetos válidos desta classe SOP são
inserido automaticamente.
2. img2dcm -i imagem BMP.bmp out.dcm
O mesmo que acima, mas diz ao img2dcm para ler um arquivo BMP em vez de JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName = Bond ^ James'
Igual ao primeiro exemplo, mas grava o objeto Visible Light Photographic Image em 'out.dcm'
e define NomeDoPaciente como 'Bond ^ James' que, de outra forma, ficaria vazio.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName = Bond ^ James'
O mesmo que 1), mas importa informações do paciente / estudo / série do arquivo DICOM
'template.dcm'. Observe que o atributo PatientName conterá 'Bond ^ James' em
no final, qualquer valor de 'template.dcm' será sobrescrito. Isto é, porque o -k
opção é aplicada no final do pipeline de conversão (veja acima).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --no-checks
O mesmo que 1), mas não executa nenhuma verificação de atributo e nenhum tipo 1 e tipo 2
inserção de atributo! Portanto, neste caso, um objeto DICOM inválido seria gerado. Isto
pode ser interessante se o arquivo de saída não se destina a ser concluído, mas será submetido
outras transformações, por exemplo, adicionar atributos usando dcmodificar. Use apenas a opção --não-
cheques se você sabe o que está fazendo!
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
O mesmo que 1), mas não insere atributos do tipo 1 ausentes e / ou seus valores. Tipo 2
atributos serão inseridos. Observe que, neste caso, deve-se garantir que todos os tipos 1
atributos são fornecidos por outros meios, ou seja, adicionando-os com o --chave opção.
Caso contrário, img2dcm relatará um erro e interromperá a conversão.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
O mesmo que 1), mas assume as informações APPn como EXIF ​​no objeto DICOM
fluxo JPEG resultante. Avançar, --insistir-em-jfif forçará img2dcm abortar se não
As informações JFIF existem no arquivo de origem.

EXPLORAÇÃO MADEIREIRA

O nível de saída de registro das várias ferramentas de linha de comando e bibliotecas subjacentes pode
ser especificado pelo usuário. Por padrão, apenas erros e avisos são gravados no padrão
fluxo de erro. Usando a opção --verbose também mensagens informativas como detalhes de processamento
são relatados. Opção --depurar pode ser usado para obter mais detalhes sobre a atividade interna,
por exemplo, para fins de depuração. Outros níveis de registro podem ser selecionados usando a opção --registro-
nível. em --quieto modo, apenas erros fatais são relatados. Em tais eventos de erro muito graves,
o aplicativo geralmente será encerrado. Para obter mais detalhes sobre os diferentes níveis de registro,
veja a documentação do módulo 'oflog'.
Caso a saída de registro deva ser gravada em arquivo (opcionalmente com rotação de arquivo de registro),
para syslog (Unix) ou a opção de log de eventos (Windows) --log-config pode ser usado. Esse
arquivo de configuração também permite direcionar apenas certas mensagens para uma saída particular
stream e para filtrar certas mensagens com base no módulo ou aplicativo onde elas
são gerados. Um exemplo de arquivo de configuração é fornecido em /logger.cfg.

COMANDO LINHA

Todas as ferramentas de linha de comando usam a seguinte notação para parâmetros: colchetes incluem
valores opcionais (0-1), três pontos finais indicam que vários valores são permitidos
(1-n), uma combinação de ambos significa valores de 0 a n.
As opções de linha de comando são diferenciadas dos parâmetros por um sinal '+' ou '-' inicial,
respectivamente. Normalmente, a ordem e a posição das opções de linha de comando são arbitrárias (ou seja,
pode aparecer em qualquer lugar). No entanto, se as opções forem mutuamente exclusivas, a aparência mais à direita
é usado. Este comportamento está de acordo com as regras de avaliação padrão de shells Unix comuns.
Além disso, um ou mais arquivos de comando podem ser especificados usando um sinal '@' como um prefixo para
o nome do arquivo (por exemplo @ command.txt) Esse argumento de comando é substituído pelo conteúdo de
o arquivo de texto correspondente (vários espaços em branco são tratados como um único separador, a menos que
eles aparecem entre duas aspas) antes de qualquer avaliação posterior. Por favor, note que
um arquivo de comando não pode conter outro arquivo de comando. Esta abordagem simples, mas eficaz
permite resumir combinações comuns de opções / parâmetros e evita longos e
confusas linhas de comando (um exemplo é fornecido no arquivo /dumppat.txt).

MEIO AMBIENTE

A img2dcm utilitário tentará carregar dicionários de dados DICOM especificados no
DCMDICPATH variável de ambiente. Por padrão, ou seja, se o DCMDICPATH variável de ambiente
não está definido, o arquivo /dicom.dic será carregado a menos que o dicionário seja construído
no aplicativo (padrão para Windows).
O comportamento padrão deve ser preferido e o DCMDICPATH variável de ambiente apenas
usado quando dicionários de dados alternativos são necessários. o DCMDICPATH variável de ambiente
tem o mesmo formato que o shell Unix PATH variável em que dois pontos (':') separam
entradas. Em sistemas Windows, um ponto e vírgula (';') é usado como separador. O dicionário de dados
o código tentará carregar cada arquivo especificado no DCMDICPATH variável de ambiente. Isto
é um erro se nenhum dicionário de dados puder ser carregado.

Use img2dcm online usando serviços onworks.net