indelével - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

indelével - simulador poderoso e flexível de evolução biológica

SINOPSE

indelével

Nenhuma opção pode ser passada por meio da linha de comando.

DESCRIÇÃO

indelével pode simular a evolução de nucleotídeo multi-particionado, aminoácido ou códon
conjuntos de dados por meio dos processos de inserção, exclusão e substituição em contínuo
Tempo. Todos os modelos evolutivos comuns são suportados.

A documentação completa para indelével está disponível em
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURAÇÃO

indelével lê as configurações para uma simulação executada a partir de um arquivo chamado controle.txt no
diretório atual. O arquivo é dividido em blocos, com cada bloco controlando um
aspecto particular da simulação. Os blocos podem conter outros sub-blocos. Os comentários podem
ser fornecido no estilo C ou C ++. Se indelével é executado sem um arquivo de controle presente, um
arquivo de exemplo é gerado.

[MODELO] tipo
Cada arquivo de controle deve começar com um TIPO bloquear. Os tipos possíveis são NUCLEOTÍDEO,
AMINOÁCIDO e CÓDÃO.

[DEFINIÇÕES]
Este bloco especifica preferências não essenciais do usuário, como tipos de arquivo de saída e
formatos, sementes para o gerador de números aleatórios e se a saída detalhada
relatórios.

[MODELO] nome do modelo
Este bloco inicia um novo modelo evolutivo a ser usado para simulação. o
parâmetros específicos, incluindo modelos de substituição, taxas de indel e local de códon
os modelos são controlados por meio de submodelos. nome do modelo pode ser qualquer nome de sua escolha.

[ÁRVORE] nome da árvore newick
Este bloco é usado para especificar uma árvore guia com o nome dado nome da árvore.
As distâncias evolutivas são representadas como comprimentos de galhos para a árvore em NEWICK
formato.

[GALHOS]
Esses blocos são usados ​​para simular processos não estacionários e não homogêneos.
Diferentes modelos podem ser especificados em diferentes ramos da árvore guia, permitindo
ramos com diferentes modelos de substituição, distribuição de comprimento indel, taxa
heterogeneidade, composição de base etc.

[PARTIÇÕES] nome da partição
Durante cada execução, várias partições de sequência podem ser simuladas. Para cada partição
a árvore-guia, o modelo evolutivo e o comprimento da sequência devem ser especificados.

[EVOLUIR]
Dentro desse bloco, podem ser geradas várias réplicas de uma partição.

DIREITOS AUTORAIS

Copyright © 2010 William Fletcher Licença GPLv3 +: GNU GPL versão 3 ou posterior.
Este é um software livre: você é livre para alterá-lo e redistribuí-lo. NÃO HÁ GARANTIA,
na medida permitida por lei. O texto completo da licença está disponível em
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

AGRADECIMENTOS

William Fletcher e Ziheng Yang (2009). INDELÍVEL: Um Simulador Flexível de Biológico
Evolução da sequência, Molecular Biologia e Evolução 26(8): 1879-1888.

Use online indelével usando serviços onworks.net