kalign - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

kalign - executa o alinhamento múltiplo de sequências biológicas.

SINOPSE

Kalign [arquivo.fasta] [arquivo de saída.fasta] [Opções]

Kalign [-eu arquivo.fasta] [-o arquivo de saída.fasta] [Opções]

Kalign [< arquivo.fasta] [> arquivo de saída.fasta] [Opções]

DESCRIÇÃO

Kalign é uma ferramenta de linha de comando para realizar o alinhamento múltiplo de sequências biológicas. Isto
emprega o algoritmo de correspondência de strings Muth? Manber, para melhorar a precisão e a velocidade
do alinhamento. Ele usa uma abordagem de alinhamento progressivo global, enriquecido pelo emprego de um
algoritmo de correspondência de string aproximado para calcular distâncias de sequência e incorporando
correspondências locais no alinhamento de outra forma global.

OPÇÕES

-s -gpo -gapopen -gap_open x
Penalidade por lacuna aberta.

-e -gpe -gap_ext -gapextensão x
Penalidade de extensão da lacuna.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Penalidades de gap terminal.

-m -bônus -matrix_bonus x
Uma constante adicionada à matriz de substituição.

-c -ordenar <input, árvore, lacunas.>
A ordem em que as sequências aparecem no alinhamento de saída.

-g -característica
Seleciona o modo de recurso e especifica quais recursos devem ser usados: por exemplo, todos, maxplp,
ESTRUTURA, PFAM-A?

-same_feature_score
Pontuação para alinhar os mesmos recursos.

-diff_feature_score
Penalidade por alinhar recursos diferentes.

-d -distância <wu, par>
Método de distância

-b -árvore -árvore-guia <nj, upgma>
Método da árvore de guias.

-z -zcutoff
Parâmetro usado no cálculo de distância baseado em wu-manber.

-i -em -entrada
Nome do arquivo de entrada.

-o -Fora -saída
Nome do arquivo de saída.

-a -gap_inc
Aumenta as penalidades de lacunas dependendo do número de lacunas existentes.

-f -formato <fasta, msf, Al, clu, macsim>
O formato de saída.

-q -quieto
Não imprima nada em STDERR. Não leia nada de STDIN.

REFERÊNCIAS

· Timo Lassmann e Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - um múltiplo preciso e rápido
algoritmo de alinhamento de sequência. BMC Bioinformatics 6: 298

· Timo Lassmann, Oliver Frings e Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
alinhamento múltiplo de alto desempenho de sequências de proteínas e nucleotídeos permitindo
funcionalidades externas. Nucleic Acid Research 3: 858–865.

AUTORES

Timo Lassmann <[email protegido]>
Autor upstream de Kalign.

Charles Plessy <[email protegido]>
Escreveu a página de manual.

DIREITOS AUTORAIS

Direitos autorais © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

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Esta página de manual foi escrita por Charles Plessy[email protegido]> para o Debian (TM)
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Em sistemas Debian, o texto completo da GNU General Public License versão 2 pode ser
encontrado em / usr / share / common-licences / GPL-2.

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