kmer-mask - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

kmer-mask - máscara e conjunto de filtros de sequências de nucleotídeos por conteúdo kmer

SINOPSE

máscara kmer {-romance|-confirmado} [-mdb mer-banco de dados] [-em tamanho mer] [-edb banco de dados existente] [-m
tamanho mínimo] [-e estender-tamanho] [-baixo limiar l] [- limiar h] [-t tópicos] [-v] [-h
Histograma] [-promover|-rebaixar|-descartar] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o prefixo de saída

DESCRIÇÃO

Máscara e conjunto de filtros de sequências (presumivelmente lidas) por conteúdo kmer. Mascarar pode ser
feito para reter a sequência nova que não está no banco de dados, ou para reter a sequência confirmada presente
no banco de dados. A filtragem irá segregar sequências totalmente, parcialmente ou não mascaradas.

OPÇÕES

-mdb mer-banco de dados
carregar mascarar kmers de Meryl(1) mer-banco de dados

-em tamanho mer

-edb banco de dados existente
salvar kmers de mascaramento para um existeDB(1) arquivo banco de dados existente para reinicializações mais rápidas

-1 in.1.fastq

-2 in.2.fastq
a entrada lê arquivos no formato fastq, fastq.gz, fastq.bz2 ou fastq.xz. O segundo é
opcional, mas atrapalha a classificação de saída se não estiver presente.

-o Fora
prefixo para leituras de saída

Fora.fullymasked. [12] .fastq
lê com bases abaixo de 'limite inferior' retidas

Fora.parcialmente mascarado. [12] .fastq
lê entre

Fora.retido. [12] .rápidoq
lê com mais do que bases de 'limite alto' retidas

Fora.discarded. [12] .fastq
lê com status conflitante

-m tamanho mínimo
ignorar acertos do banco de dados abaixo deste número de kmers consecutivos (0)

-e tamanho estendido
estender as ocorrências do banco de dados em muitos quilômetros ausentes (0)

-romance RETAIN nova sequência não presente no banco de dados

-confirmado
RETAIN confirmou a sequência presente no banco de dados

-promover
promover a leitura menos RETIDA ao status de leitura mais RETIDA
read1 = totalmente mascarado e read2 = parcialmente mascarado -> ambos estão parcialmente mascarados

-rebaixar
rebaixar a leitura mais RETENDA ao status da leitura menos RETIDA
read1 = totalmente mascarado e read2 = parcialmente mascarado -> ambos estão totalmente mascarados

-descartar
descartar pares com status conflitante (DEFAULT) read1 = fullymasked e
read2 = parcialmente mascarado -> ambos são descartados

stats on stderr, número of sequências com quantidade RETIDO:
-baixo limiar t
(0.3333)

- limiar t
(0.6667)

-h Histograma
escreva um histograma da quantidade de sequência RETENDA

-t t usar t threads de computação

-v mostrar progresso

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