LAdump - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

LAdump - exibe alinhamentos locais do daligner em um formato simples

SINOPSE

LAdespejo [-cdt] [-o] src1: db | dam [ src2: db | dam ] alinhar: las [ lê: FILE | lê: alcance ...]

DESCRIÇÃO

Como LA show(1) LAdespejo permite exibir os alinhamentos locais (LAs) de um subconjunto do
pilhas em um arquivo .las e selecione quais informações mostrar sobre eles. A diferença é
que as informações são escritas em um formato ASCII de "1 código" muito simples que torna mais fácil
para alguém ler e analisar as informações para uso posterior. Para cada LA, o par de leituras
é a saída em uma linha. -c solicita que mais uma saída das coordenadas do LA
segmentos sejam produzidos. o -d opção pede que o número de diferença no LA seja
saída, e -t solicita que as informações do ponto de rastreamento sejam geradas. Finalmente, -o pedidos
que apenas LAs que são sobreposições adequadas sejam produzidos.

O formato é muito simples. Cada informação solicitada ocorre em uma linha. o
o primeiro caractere de cada linha é um caractere de "1 código" que indica quais informações
esperar na linha. O resto da linha contém informações onde cada item está
separados por um único espaço em branco. A linha do ponto de rastreamento fornece o número de pontos de rastreamento
intervalos no LA e é imediatamente seguido por muitas linhas contendo um par de
inteiros dando o número de diferenças e b-deslocamento em cada ponto de rastreamento sucessivo
intervalo.

P #a #b - (# a, # b) tem um LA entre eles
C #ab #ae #bb #be - [# ab, # ae] alinha-se com [# bb, # be]
D # - há # diferenças no LA
T #n - há #n intervalos de pontos de rastreamento para o LA
(#d #y) ^ # n - há #d diferença alinhando os #y bp's de B com o
próximo intervalo de tamanho fixo de A
+ X # - Quantidade total de X (X = P ou T)
% X # - Quantidade máxima de X em qualquer pilha (X = P ou T)
@ T # - Número máximo de pontos de rastreamento em qualquer rastreamento

As linhas de 1 código que começam com +,% ou @ são sempre as primeiras linhas na saída. Elas
fornece informações de tamanho sobre o que está contido na saída. Especificamente, '+ X #' dá
o número total de LAs (X = P), ou o número total de intervalos de pontos de rastreamento (X = T) no
Arquivo . '% X #' dá o número máximo de LAs (X = P) ou o número máximo de pontos de rastreamento
intervalos (X = T) em um dado empilhar (coleção de LAs, todos com o mesmo a-read (aplica-se apenas
para classificado Finalmente @ T # dá o número máximo de intervalos de pontos de rastreamento em qualquer rastreamento dentro
o arquivo.

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