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load_genbankp - Online na nuvem

Execute load_genbankp no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando load_genbankp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


load_genbank.pl - Carrega um banco de dados Bio :: DB :: GFF dos arquivos GENBANK.

SINOPSE


% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256

NOTA: O script bp_genbank2gff.pl na distribuição BioPerl é igual a este script.

DESCRIÇÃO


Este script carrega um banco de dados Bio :: DB :: GFF com os recursos contidos em um local
arquivo genbank ou um acesso obtido do genbank. Várias opções de linha de comando
permitem que você controle qual banco de dados carregar e se permite que um banco de dados existente
ser sobrescrito.

Este script atualmente usa apenas MySQL, embora seja uma prova de princípio e poderia facilmente
ser estendido para funcionar com outros RDMS que são suportados pelo GFF por meio de adaptadores.

LINHA DE COMANDO OPÇÕES


As opções de linha de comando podem ser abreviadas para opções de uma única letra. por exemplo, -d em vez de
--base de dados.

--create Força a criação e inicialização do banco de dados
--dsn Fonte de dados (dbi padrão: mysql: test)
--do utilizador Nome de usuário para autenticação mysql
--passar Senha para autenticação mysql
--proxy Servidor proxy a ser usado para acesso remoto
--file Os argumentos a seguir são nomes de arquivo Genbank / EMBL (padrão)
--accession Os argumentos a seguir são os números de acesso do genbank
--stdout Grava o arquivo GFF convertido em stdout em vez de carregar

Use load_genbankp online usando serviços onworks.net


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