locuspocus - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

locuspocus - calcula as coordenadas do locus para a anotação de gene dada

SINOPSE

locuspocus [opções] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESCRIÇÃO

Opções básicas:

-d| --debug
imprimir mensagens de depuração detalhadas para o terminal (erro padrão)

-h| --ajuda
imprima esta mensagem de ajuda e saia

-v| --version
imprimir o número da versão e sair

Análise iLocus:

-l| --delta: INT
ao analisar os loci de intervalo, use o seguinte delta para estender os loci do gene e incluir
regiões regulatórias potenciais; o padrão é 500

-s| --skipends
ao enumerar os loci de intervalo, exclua não anotado (e presumivelmente incompleto)
iLoci em qualquer extremidade da sequência

-e| --endsonly
relatar apenas fragmentos de iLocus incompletos nas extremidades não anotadas das sequências
(complemento de --skipends)

-y| --skipiiloci
não relatar iLoci intergênicos

Opções de refinamento:

-r| --refine
por padrão, os genes são agrupados no mesmo iLocus se houver alguma sobreposição; 'refinar'
modo permite um tratamento mais matizado de genes sobrepostos

-c| --cds
use CDS em vez de UTRs para determinar a sobreposição de genes; implica o modo 'refinar'

-m| --minoverlap: INT
o número mínimo de nucleotídeos em que dois genes devem se sobrepor para serem agrupados no mesmo
iLocus; o padrão é 1

Opções de saída:

-n| --namefmt: STR
fornecer uma string de formato no estilo printf para substituir o formato de ID padrão para novos
loci criado; o padrão é 'locus% lu' (locus1, locus2, etc) para loci e 'iLocus% lu'
(iLocus1, iLocus2, etc) para loci de intervalo; observe que a string de formato deve incluir um
único especificador% lu a ser preenchido com um valor inteiro longo sem sinal

-i| --ilens: FILE
crie um arquivo com os comprimentos de cada iLocus intergênico

-g| --genemap: FILE
imprimir um mapeamento de cada anotação de gene para seu locus correspondente ao dado
lima

-o| --outfile: FILE
nome do arquivo no qual os resultados serão gravados; o padrão é terminal (padrão
resultado)

-T| --retainidas
retém IDs de recursos originais dos arquivos de entrada; conflitos surgirão se a entrada
contém valores de ID duplicados

-t| --transmap: FILE
imprimir um mapeamento de cada anotação de transcrição para seu locus correspondente ao
dado arquivo

-V| --verbose
incluir todas as sub-características de locus (genes, RNAs, etc.) na saída de GFF3; predefinição
inclui apenas características de locus

Opções de entrada:

-f| --filter: TYPE
lista separada por vírgulas de tipos de recursos para usar na construção de loci / iLoci; padrão é
'gene'

-p| - pai: CT: PT
se um recurso do tipo $ CT existe sem um pai, crie um pai para este recurso
com o tipo $ PT; por exemplo, mRNA: gene criará um recurso de gene como um pai para
qualquer recurso de mRNA de nível superior; esta opção pode ser especificada várias vezes

-u| --pseudo
corrigir pseudogenes erroneamente rotulados

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