Este é o comando makeBadgerMatrix que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas múltiplas estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online de Windows ou emulador online de MAC OS.
PROGRAMA:
NOME
addUnalignedIntervals - parte do pacote mauveAligner
alinhamentoProjetor - parte do pacote mauveAligner
backbone_global_to_local - parte do pacote mauveAligner
bbAnalyze - parte do pacote mauveAligner
createBackboneMFA - parte do pacote mauveAligner
getAlignmentWindows - parte do pacote mauveAligner
getOrthologList - parte do pacote mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte do pacote mauveAligner
mauveToXMFA - parte do pacote mauveAligner
mfa2xmfa - parte do pacote mauveAligner
projectAndStrip - parte do pacote mauveAligner
randomGeneSample - parte do pacote mauveAligner
scoreAlignment - parte do pacote mauveAligner
stripGapColumns - parte do pacote mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte do pacote mauveAligner
toGrimmFormat - parte do pacote mauveAligner
toMultiFastA - parte do pacote mauveAligner
toRawSequence - parte do pacote mauveAligner
uniqueMerCount - parte do pacote mauveAligner
uniquifyTrees - parte do pacote mauveAligner
xmfa2maf - parte do pacote mauveAligner
DESCRIÇÃO
Essas ferramentas pertencem ao pacote mauveAligner. Eles não são explicitamente documentados, mas
estão imprimindo uma linha de sinopse que é repetida aqui.
addUnalignedIntervals intervalo arquivo> <saída intervalo arquivo>
alinhamento Projetor xmfa> <saída xmfa> <mfa seq entrada> <mfa seq saída> <lista of
sequências para incluir, iniciando at 0>
backbone_global_to_local <xmfa arquivo> <espinha dorsal arquivo> <saída arquivo>
bbAnalisar <xmfa arquivo> <guia árvore> <espinha dorsal sequências arquivo> <espinha dorsal col arquivo> <anotado
seq índice> <saída arquivo>
o índice seq anotado começa em 0.
criarBackboneMFA intervalo arquivo> <saída MFA nome>
getAlignmentWindows <XMFA alinhamento> <janela comprimento> <janela mudança montante> <base saída
nome do arquivo>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <espinha dorsal seq arquivo> <referência genoma> <CDS
ortólogo nome do arquivo> <CDS alinhamento base nome>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <saída texugo arquivo> <LCB coordenar arquivo>
malvaToXMFA malvaToXMFA <Mava Alinhamento entrada> <XMFA saída>
mfa2xmfa <MFA alinhamento entrada> <XMFA alinhamento saída> [Desalinhado RápidoA saída]
projetoAndStrip xmfa> <saída xmfa> ...
Os identificadores de sequência numérica começam em 0.
amostra aleatóriaGene xmfa> <espinha dorsal seq arquivo> <amostra genoma> <número of genes>
<saída base nome> [aleatória semente]
pontuaçãoAlinhamento <correto alinhamento> <calculado alinhamento> [evoluiu seqüência Arquivo] [slagan]
stripGapColumns XMFA> <saída XMFA>
stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <saída xmfa> [minuto ABC para você] [minuto genomas]
[aleatoriamente subamostra para X KB]
toGrimmFormat <Mava Alinhamento> <genoma 1 chr comprimentos> ... N chr comprimentos>
para MultiFastA intervalo arquivo> <saída base nome>
para RawSequence seqüência> <saída arquivo>
únicoMerCount <Ordenado mar Lista>
uniquifyÁrvores <nexo entrada arquivo> <nexo saída arquivo>
Todas as árvores no arquivo de entrada devem ter o mesmo número de táxons e o mesmo táxon
Labels
xmfa2maf <xmfa entrada> <maf saída>
Use makeBadgerMatrix online usando serviços onworks.net
