map2slimp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

map2slim - mapeia associações de genes para uma ontologia 'slim'

SINOPSE

cd vai
map2slim GO_slims / goslim_generic.obo ontology / gene_ontology.obo gene-association / gene_association.fb

DESCRIÇÃO

Dado um arquivo GO slim e uma ontologia atual (em um ou mais arquivos), este script mapeará
um arquivo de associação de genes (contendo anotações para o GO completo) para os termos do GO
esbelto.

O script pode ser usado para criar um novo arquivo de associação de genes, contendo a maioria
acessos GO slim pertinentes, ou em modo de contagem, caso em que dará um gene distinto
produto conta para cada prazo limitado

O formato do arquivo de associação é descrito aqui:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#file>

ARGUMENTOS

-b balde fino lima
Este argumento adiciona balde condições para a ontologia enxuta; veja a documentação abaixo para
uma explicação. O novo arquivo de ontologia fino, incluindo os termos do intervalo, será gravado em
balde fino lima

-outmap fino mapeamento lima
Isso irá gerar um arquivo de mapeamento para cada termo na ontologia completa, mostrando tanto o
o termo restrito mais pertinente e todos os termos restritos que são ancestrais. Se você usar isso
opção, NÃO forneça um arquivo de associações de genes

showames
(Funciona apenas com -outmap)

Mostra os nomes do termo no arquivo de mapeamento fino

-c Isso forçará map2slim a fornecer contagens do arquivo assoc, em vez de mapeá-lo

-t Quando usado em conjunto com -c irá separar a saída para que o recuo reflita
a hierarquia da árvore no arquivo slim

-o Fora lima
Isso gravará as associações mapeadas (ou contagens) no arquivo especificado, em vez de
a tela

DOWNLOAD

Este script é parte do go-perl pacote, disponível no CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Este script não funcionará sem a instalação de go-perl

MAPEAMENTO ALGORITMO
GO é um DAG, não uma árvore. Isso significa que muitas vezes há mais de um caminho de um termo GO
até o nó raiz Gene_Ontology; o caminho pode cruzar vários termos no slim
ontologia - o que significa que uma anotação pode ser mapeada para vários termos simplificados!

(nota você precisa ver isso online para ver a imagem abaixo - se você não estiver vendo isso em
que o http://www.geneontology.org site, você pode olhar para o seguinte URL:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/* checkout * / geneontology / go-dev / go-perl / doc / map2slim.gif>
)

Um exemplo hipotético de círculos azuis mostra termos no GO slim e os círculos amarelos mostram
termos na ontologia completa. A ontologia completa inclui o slim, então os termos azuis são
também na ontologia.

IR MAPAS DE ID PARA SLIM ID DE TODOS OS ANCESTORES SLIM
===== =================================
5 2 + 3 2,3,1
6 3 apenas 3,1
7 4 apenas 4,3,1
8 3 apenas 3,1
9 4 apenas 4,3,1
10 2 + 3 2,3,1

A 2ª coluna mostra a (s) ID (s) mais pertinente (s) no slim mapeamento direto. O terceiro
coluna mostra todos os ancestrais no slim.

Observe em particular o mapeamento do ID 9, embora ele tenha dois caminhos para a raiz através de
o slim via 3 e 4, 3 é descartado porque é subsumido por 4.

Por outro lado, 10 mapeia para 2 e 3, porque esses são os primeiros IDs estreitos no
dois caminhos válidos para a raiz e nenhum inclui o outro.

O algoritmo usado é:

para mapear qualquer termo na ontologia completa: encontre todos os caminhos válidos até o nó raiz em
a ontologia completa

para cada caminho, use o primeiro pequeno termo encontrado no caminho

descartar quaisquer termos simplificados redundantes neste conjunto, ou seja, termos restritos incluídos por outros termos restritos
no set

BALDE TERMOS
Se você executar o script com a opção -b, os termos do bucket serão adicionados. Para qualquer termo P em
o magro, se P tiver pelo menos um filho C, um termo de balde P 'será criado em P. Isso é
um termo abrangente para mapear qualquer termo na ontologia completa que seja descendente de P, mas
NÃO é um descendente de qualquer filho de P na ontologia enxuta.

Por exemplo, o slim generic.0208 tem os seguintes termos e estrutura:

% De ligação ao DNA; GO: 0003677
% de ligação à cromatina; GO: 0003682
% da atividade do fator de transcrição; GO: 0003700, GO: 0000130

Depois de adicionar os termos do intervalo, ficará assim:

% De ligação ao DNA; GO: 0003677
% de ligação à cromatina; GO: 0003682
% da atividade do fator de transcrição; GO: 0003700; sinônimo: GO: 0000130
@bucket: ligação Z-OUTRO-DNA; slim_temp_id: 12

Termos da ontologia completa que são outros filhos da ligação ao DNA, como
a ligação do DNA de cadeia e seus descendentes serão mapeados para o termo do balde.

O termo do balde tem um ID estreito que é temporário e existe apenas para facilitar o
mapeamento. Não deve ser usado externamente.

O termo do balde tem o prefixo Z-OUTRO; o Z é um hack para se certificar de que o termo é
sempre listado por último na ordem alfabética.

O algoritmo é ligeiramente modificado se os termos do intervalo forem usados. O termo do balde tem um
relacionamento implícito com todos os OUTROS irmãos que não sejam membros da família.

Do I necessidade balde termos?

Hoje em dia, a maioria dos arquivos finos está total ou quase 'completa', ou seja, não há lacunas.
Isso significa que a opção -b não produzirá resultados diferentes perceptíveis. Por exemplo,
você pode ver um termo de intervalo OTHER-binding criado, sem nada anotado nele: porque todos
os filhos da encadernação no GO são representados no arquivo slim.

A opção de balde é realmente necessária apenas para alguns dos arquivos compactos arquivados mais antigos,
que são estáticos e foram gerados de uma forma bastante ad-hoc; eles tendem a acumular 'lacunas'
com o tempo (por exemplo, GO adicionará um novo filho de ligação, mas o arquivo slim estático não será até
data, portanto, quaisquer produtos gênicos anotados neste novo termo serão mapeados para ligação a OUTRO no
esbelto)

GRÁFICO INCORREÇÕES
Observe que o (s) arquivo (s) de ontologia estreito (s) pode (m) estar desatualizado (s) com relação ao (s) atual (is)
ontologia.

Atualmente map2slim não sinaliza incompatibilidades de gráfico entre o gráfico fino e o gráfico em
o arquivo de ontologia completo; ele considera a ontologia completa como sendo o gráfico real. No entanto, o
a ontologia slim será usada para formatar os resultados se você selecionar -t -c como opções.

SAÍDA
No modo normal, um arquivo de associação de genes de formato padrão será gravado. A coluna GO ID
(5) conterá IDs slim GO. O mapeamento corresponde à 2ª coluna da tabela
acima de. Observe que o arquivo de saída pode conter mais linhas do que o arquivo de entrada. Isto é
porque alguns GO IDs completos têm mais de um ID slim pertinente.

CONTAGEM MODA

map2slim pode ser executado com a opção -c, que fornecerá as contagens de genes distintos
produtos mapeados para cada prazo reduzido. As colunas são as seguintes

Termo GO
A primeira coluna é o GO ID seguido pelo nome do termo (o nome do termo é fornecido como
ele é encontrado nas ontologias GO completo e slim - geralmente são as mesmas
mas, ocasionalmente, o arquivo slim ficará por trás das alterações no arquivo GO)

Contagem de produtos genéticos para os quais este é o termo restrito mais relevante
o número de produtos de genes distintos para os quais este é o mais pertinente / direto slim
EU IRIA. Por mais direto, queremos dizer que a associação é feita diretamente a este termo,
OU a associação é feita a uma criança deste prazo restrito E não há nenhuma criança menor
termo para o qual a associação mapeia.

Para a maioria dos slims, essa contagem será equivalente ao número de associações diretamente
mapeado para este termo estreito. No entanto, alguns arquivos finos mais antigos são "irregulares" no sentido de
admitir "lacunas". Por exemplo, se o magro tem todos os filhos de "processo biológico" com
a exceção de "comportamento", então todas as anotações para "comportamento" ou seus filhos serão
contado aqui

veja o exemplo abaixo

Contagem de produtos genéticos inferidos como associados ao termo restrito
e o número de produtos gênicos distintos que são anotados para qualquer descendente deste
slim ID (ou anotado diretamente no slim ID).

bandeira obsoleta
Ontologia GO

Para dar um exemplo; se usarmos -t e -c assim:

map2slim -t -c GO_slims / goslim_generic.obo ontology / gene_ontology.obo gene-association / gene_association.fb

Então, parte dos resultados pode ser assim:

GO: 0008150 biologico_processo (biologico_processo) 34 10025 biologico_processo
GO: 0007610 comportamento (comportamento) 632 632 biológico_processo
GO: 0000004 processo biológico desconhecido (processo biológico desconhecido) 832 832 processo biológico
GO: 0007154 comunicação celular (comunicação celular) 333 1701 biológico_processo
GO: 0008037 reconhecimento de células (reconhecimento de células) 19 19 biológico_processo
19 produtos foram mapeados para GO: 0008037 ou um de seus filhos. (GO: 0008037 é um nó folha no slim, então as duas contagens são idênticas).

Por outro lado, GO: 0008150 obtém apenas 34 produtos para os quais este é o mais relevante
prazo. Isso ocorre porque a maioria das anotações mapearia para algum filho de GO: 0008150 no slim,
como GO: 0007610 (comportamento). Esses 34 produtos gênicos são anotados diretamente para
GO: 0008150, ou para alguma criança deste termo que não esteja no magro. Isso pode apontar para
'lacunas' no slim. Observe que a execução de map2slim com a opção -b irá 'preencher' essas lacunas
com termos de preenchimento artificial.

Use map2slimp online usando serviços onworks.net