InglêsFrancêsAlemãoItalianoPortuguêsRussaEspanhol

favicon do OnWorks

mapview - Online na nuvem

Execute o mapview no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando mapview que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online

PROGRAMA:

NOME


mummer - pacote para alinhamento de sequência de múltiplos genomas

SINOPSE


anotar
combinar MUMs
dnadiff [opções]ou [opções]-d<deltaarquivo>
tandems exatos
lacunas
visão do mapa [opções]<coordsarquivo>[UTRcoordenadas][CDScoordenadas]
mgaps [-d][-f][-eu][-s]
mamãe [opções]
enredo mummer [opções]<matcharquivo>
Nucmer [opções]
nucmer2xfig
promotor [opções]
partida repetida [opções]
run-mummer1 <fastareferência><fastaconsulta>[-r]
run-mummer3 <fastareferência><multi-fastaconsulta>
mostrar-alinha [opções]<refID><qryID>

A entrada é a saída .delta do programa "nucmer" ou "promer" passado no
linha de comando.

A saída é para stdout e consiste em todos os alinhamentos entre a consulta e a referência
sequências identificadas na linha de comando.

NOTA: Nenhuma classificação é feita por padrão, portanto, os alinhamentos serão ordenados como encontrados em
a entrada.
show-coords [opções]
mostrar-snps [opções]
exibição de ladrilhos [opções]

DESCRIÇÃO


OPÇÕES


Todas as ferramentas (exceto para lacunas) obedecem às opções -h, --help, -V e --version como se fossem
Espero. Essa ajuda é excelente e torna essas páginas do manual basicamente obsoletas.
combinar MUMs Combina MUMs em estendendo partidas fora das pontas e entre MUMs.
é um arquivo fasta da sequência de referência. é um multi
arquivo fasta das sequências comparadas com a referência

-D Somente saída para padronizar as posições de diferença
e personagens
-n Permitir correspondências apenas entre nucleotídeos, ou seja, ACGTs
-N num Break partidas em ou mais não ACGTs consecutivos
-q tag Usada para rotular a correspondência de consulta
-r tag Usada para corresponder à referência do rótulo
-S Saída de todas as diferenças nas cordas
-t A consulta do rótulo corresponde ao cabeçalho da consulta fasta
-v num Define o nível detalhado para saída extra
-W arquivo Redefine o nome de arquivo de saída padrão witherrors.gaps
-x Não produz arquivos .cover
-e Defina o corte de taxa de erro para e (por exemplo, 0.02 é dois por cento)
dnadiff Execute uma análise comparativa de dois conjuntos de sequência usando nucmer e seus associados
utilitários com parâmetros recomendados. Consulte a documentação do MUMmer para obter mais detalhes
descrição da saída. Produz os seguintes arquivos de saída:

.report - Resumo de alinhamentos, diferenças e SNPs
.delta - Saída de alinhamento de nucmero padrão
.1delta - alinhamento 1 para 1 do filtro delta -1
.mdelta - Alinhamento M-para-M do filtro delta -m
.1coords - coordenadas 1 para 1 de show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Coordenadas M-para-M de show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs de show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - pontos de interrupção de referência classificados de show-diff -rH .mdelta
.qdiff - pontos de interrupção qry classificados de show-diff -qH .mdelta
.unref - IDs e comprimentos de referência não alinhados (se aplicável)
.unqry - IDs e comprimentos de consulta desalinhados (se aplicável)

OBRIGATÓRIO:
referência Define o nome de arquivo multi-FASTA de referência de entrada
consulta Define o nome de arquivo multi-FASTA da consulta de entrada
or
Arquivo delta Arquivo de alinhamento .delta não filtrado do nucmer

OPÇÕES:
-d | delta Fornece arquivo delta pré-computado para análise
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-V
--version Exibe as informações da versão e sai

visão do mapa
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-m | mag Defina a ampliação na qual a figura é renderizada,
esta é uma opção para fig2dev que é usado para gerar
os arquivos PDF e PS (padrão 1.0)
-n | num Define o número de arquivos de saída usados ​​para particionar o
saída, isso é para evitar a geração de arquivos que são muito
grande para exibir (padrão 10)
-p | prefix Define o prefixo do arquivo de saída
(padrão "PROMER_graph ou NUCMER_graph")
-v
--verbose Registro detalhado dos arquivos processados
-V
--version Exibe as informações da versão e sai
-x1 coord Define o limite de coordenada inferior da tela
-x2 coord Define o limite de coordenada superior da tela
-g | ref Se o arquivo de entrada for fornecido por 'mgaps', defina o
ID da sequência de referência (como aparece na primeira coluna
do arquivo de coords UTR / CDS)
-I Exibe o nome das sequências de consulta
-Ir Exibe o nome dos genes de referência
mamãe Encontre e envie (para saída padrão) as posições e o comprimento de todos os tamanhos suficientemente longos
correspondências máximas de uma substring em e

-mum calcula correspondências máximas que são únicas em ambas as sequências
-mumcand mesmo que -mumreference
-mumreference calcula correspondências máximas que são exclusivas em
a sequência de referência, mas não necessariamente na sequência de consulta
(Padrão)
-maxmatch calcula todas as correspondências máximas, independentemente de sua exclusividade
-n corresponde apenas aos caracteres a, c, g ou t
eles podem estar em letras maiúsculas ou minúsculas
-Defino o comprimento mínimo de uma partida
se não for definido, o valor padrão é 20
-b computa correspondências de complemento direto e reverso
-r apenas calcula correspondências de complemento reverso
-s mostra as substrings correspondentes
-c relata a posição da consulta de uma correspondência de complemento reverso
em relação à sequência de consulta original
-F força o formato de saída de 4 colunas, independentemente do número de
entradas de sequência de referência
-L mostra o comprimento das sequências de consulta na linha do cabeçalho
nuncmer
nucmer gera alinhamentos de nucleotídeos entre duas entradas mutli-FASTA
arquivos. Dois arquivos de saída são gerados. As listas de arquivos de saída .cluster
clusters de correspondências entre cada sequência. O arquivo .delta lista o
distância entre inserções e exclusões que produzem pontuação máxima
alinhamentos entre cada sequência.

OBRIGATÓRIO:
Referência Define o nome de arquivo multi-FASTA de referência de entrada
Consulta Define o nome de arquivo multi-FASTA da consulta de entrada

--mum Usa correspondências de âncora que são exclusivas em ambas as referências
e consulta
--mumcand O mesmo que --mumreference
--mumreference Usa correspondências de âncora que são exclusivas na referência
mas não necessariamente exclusivo na consulta (comportamento padrão)
--maxmatch Usa todas as correspondências de âncora, independentemente de sua exclusividade

-b | breaklen Definir a distância que uma extensão de alinhamento tentará
estender regiões de pontuação ruim antes de desistir (padrão 200)
-c | mincluster Define o comprimento mínimo de um cluster de correspondências (padrão 65)
- [no] delta Alterna a criação do arquivo delta (padrão --delta)
--depend Imprime as informações de dependência e sai
-d | diagfactor Define o fator de separação de diferença diagonal de agrupamento
(padrão 0.12)
- [no] extend Alterna a etapa de extensão do cluster (padrão --extend)
-f
--forward Use apenas a vertente direta das sequências de consulta
-g | maxgap Define a lacuna máxima entre duas correspondências adjacentes em um
cluster (padrão 90)
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-l | minmatch Define o comprimento mínimo de uma única correspondência (padrão 20)
-o
--coords Gera automaticamente as coordenadas originais do NUCmer1.1
arquivo de saída usando o programa 'show-coords'
- [não] otimizar Alternar otimização de pontuação de alinhamento, ou seja, se um alinhamento
a extensão chega ao fim de uma sequência, ela irá retroceder
para otimizar a pontuação de alinhamento em vez de encerrar o
alinhamento no final da sequência (padrão --optimize)
-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-r
--reverse Usa apenas o complemento reverso das sequências de consulta
- [não] simplificar Simplificar alinhamentos removendo clusters sombreados. Vez
esta opção desligada se alinhar uma sequência a si mesma para olhar
para repetições (padrão - simplificar)

promotor
promer gera alinhamentos de aminoácidos entre duas entradas de DNA mutli-FASTA
arquivos. Dois arquivos de saída são gerados. As listas de arquivos de saída .cluster
clusters de correspondências entre cada sequência. O arquivo .delta lista o
distância entre inserções e exclusões que produzem pontuação máxima
alinhamentos entre cada sequência. A entrada do DNA é traduzida em todos os 6
ler quadros para gerar a saída, mas as coordenadas de saída
referencie a entrada de DNA original.

OBRIGATÓRIO:
Referência Define o arquivo multi-FASTA DNA de referência de entrada
Consulta Define o arquivo multi-FASTA DNA da consulta de entrada

--mum Usa correspondências de âncora que são exclusivas em ambas as referências
e consulta
--mumcand O mesmo que --mumreference
--mumreference Usa correspondências de âncora que são exclusivas na referência
mas não necessariamente exclusivo na consulta (comportamento padrão)
--maxmatch Usa todas as correspondências de âncora, independentemente de sua exclusividade

-b | breaklen Definir a distância que uma extensão de alinhamento tentará
estender regiões de pontuação ruim antes de desistir, medido em
aminoácidos (padrão 60)
-c | mincluster Define o comprimento mínimo de um cluster de correspondências, medido em
aminoácidos (padrão 20)
- [no] delta Alterna a criação do arquivo delta (padrão --delta)
--depend Imprime as informações de dependência e sai
-d | diagfactor Define o fator de separação de diferença diagonal de agrupamento
(padrão, 11)
- [no] extend Alterna a etapa de extensão do cluster (padrão --extend)
-g | maxgap Define a lacuna máxima entre duas correspondências adjacentes em um
cluster, medido em aminoácidos (padrão 30)
-l | minmatch Define o comprimento mínimo de uma única correspondência, medido em aminoácidos
ácidos (padrão 6)
-m | masklen Define o lenth de mascaramento máximo do bookend, medido em amino
ácidos (padrão 8)
-o
--coords Gera automaticamente o PROmer1.1 ".coords" original
arquivo de saída usando o programa "show-coords"
- [não] otimizar Alternar otimização de pontuação de alinhamento, ou seja, se um alinhamento
a extensão chega ao fim de uma sequência, ela irá retroceder
para otimizar a pontuação de alinhamento em vez de encerrar o
alinhamento no final da sequência (padrão --optimize)

-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-x | matriz Define o número da matriz de alinhamento para 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] ou 3 [BLOSUM 80] (padrão 2)
partida repetida Encontre todas as correspondências exatas máximas em
-E Use a pesquisa exaustiva (lenta) para encontrar correspondências
-f Fio de avanço apenas, não usa complemento reverso
-n # Define o comprimento mínimo da correspondência exata para #
-t Apenas produz repetições em tandem
-V # Defina o nível de impressão detalhada (depuração) para #
mostrar-alinha
-h Exibir informações de ajuda
-q Classifica os alinhamentos pela coordenada de início da consulta
-r Classifica os alinhamentos pela coordenada inicial de referência
-w int Define a largura da tela - o padrão é 60
-x int Defina o tipo de matriz - o padrão é 2 (BLOSUM 62),
outras opções incluem 1 (BLOSUM 45) e 3 (BLOSUM 80)
nota: só tem efeito nos alinhamentos de aminoácidos
show-coords
-b Mescla alinhamentos sobrepostos, independentemente do diretório de correspondência
ou frame e não exibe nenhuma informação de identidade.
-B Muda a saída para o formato btab
-c Inclui informações de porcentagem de cobertura na saída
-d Exibe a direção de alinhamento no adicional
Colunas FRM (padrão para promer)
-g Opção obsoleta. Use 'filtro delta' em vez disso
-h Exibir informações de ajuda
-H Não imprime o cabeçalho de saída
-Eu float Definir a porcentagem mínima de identidade para exibir
-k Knockout (não exibir) alinhamentos que se sobrepõem
outro alinhamento em um quadro diferente em mais de 50%
de seu comprimento E têm uma similaridade percentual menor
ou são menos de 75% do tamanho do outro alinhamento
(apenas promotor)
-l Inclui as informações de comprimento de sequência na saída
-L long Definir comprimento mínimo de alinhamento para exibir
-o Anota alinhamentos máximos entre duas sequências, ie
sobreposições entre as sequências de referência e consulta
-q Classifica as linhas de saída por IDs de consulta e coordenadas
-r Classifica as linhas de saída por IDs de referência e coordenadas
-T Muda a saída para o formato delimitado por tabulação

A entrada é a saída .delta do programa "nucmer" ou "promer" passado no
linha de comando.

A saída é para stdout e consiste em uma lista de coordenadas, porcentagem de identidade e outras
informações úteis sobre os dados de alinhamento contidos no arquivo .delta usado como
entrada.

NOTA: Nenhuma classificação é feita por padrão, portanto, os alinhamentos serão ordenados conforme encontrados
no entrada.
mostrar-snps
-C Não relatar SNPs de alinhamentos com um ambíguo
mapeamento, ou seja, apenas relatar SNPs onde o [R] e [Q]
colunas são iguais a 0 e não geram essas colunas
-h Exibir informações de ajuda
-H Não imprime o cabeçalho de saída
-Eu não relato indels
-l Inclui informações de comprimento de sequência na saída
-q Classifica as linhas de saída por IDs de consulta e posições SNP
-r Classifica as linhas de saída por IDs de referência e posições SNP
-S Especifique quais alinhamentos relatar passando
linhas 'show-coords' para stdin
-T Muda para o formato delimitado por tabulação
-x int Inclui x caracteres do contexto SNP circundante no
saída, padrão 0

A entrada é a saída .delta do programa nucmer ou promer transmitido no comando
linha.

A saída é para stdout e consiste em uma lista de SNPs (ou substituições de aminoácidos para
promotor) com posições e outras informações úteis. A saída será classificada com -r por padrão
e a coluna [BUFF] sempre se referirá à sequência cujas posições foram classificadas.
Este valor especifica a distância deste SNP para a incompatibilidade mais próxima (fim do alinhamento,
indel, SNP, etc) no mesmo alinhamento, enquanto a coluna [DIST] especifica a distância
deste SNP até o final da sequência mais próximo. SNPs para os quais as colunas [R] e [Q] são
maior que 0 deve ser avaliado com cuidado, pois essas colunas especificam o número de
outros alinhamentos que se sobrepõem a esta posição. Use -C para garantir que os SNPs sejam relatados apenas a partir de
regiões de alinhamento exclusivas.

exibição de ladrilhos
-a Descreva o caminho do ladrilho imprimindo o delimitado por tabulação
Coordenadas da região de alinhamento para saída padrão
-c Assume que as sequências de referência são circulares e permite
contigs lado a lado para abranger a origem
-g int Define a lacuna máxima entre alinhamentos agrupados [-1, INT_MAX]
Um valor de -1 representará infinito
(Número padrão = 1000)
(padrão do promer = -1)
-i float Define a porcentagem mínima de identidade para bloco [0.0, 100.0]
(Número padrão = 90.0)
(padrão do promer = 55.0)
-l int Define o comprimento mínimo contig para o relatório [-1, INT_MAX]
Um valor de -1 representará infinito
(padrão comum = 1)
-p arquivo Produz uma pseudo molécula dos contigs de consulta para 'arquivo'
-R Lidar com contigs repetitivos, colocando-os aleatoriamente
em um de seus locais de cópia (implica -V 0)
-t arquivo Produz uma lista contig de estilo TIGR de cada sequência de consulta
que corresponda suficientemente à referência (não circular)
-u arquivo Exibe as coordenadas da região de alinhamento delimitadas por tabulação
dos contigs inutilizáveis ​​para 'arquivo'
-v float Define a cobertura mínima de contig para lado a lado [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) soma dos alinhamentos individuais
(padrão do prometedor = 50.0) extensão da região sintênica
-V float Definir diferença de cobertura mínima de contig [0.0, 100.0]
ou seja, a diferença necessária para determinar um alinhamento
é 'melhor' do que outro alinhamento
(nucmer default = 10.0) soma dos alinhamentos individuais
(padrão do prometedor = 30.0) extensão da região sintênica
-x Descreve o caminho dos ladrilhos, imprimindo o contig XML
vinculando informações ao stdout

A entrada é a saída .delta do programa nucmer, executado em dados de sequência muito semelhantes, ou
a saída .delta do programa promer, executado em dados de sequência divergentes.

A saída é para stdout e consiste na localização prevista de cada consulta de alinhamento
contig conforme mapeado para as sequências de referência. Essas coordenadas fazem referência à extensão de
todo o contig da consulta, mesmo quando apenas uma certa porcentagem do contig foi realmente
alinhado (a menos que a opção -a seja usada). As colunas são, começar na ref, terminar na ref, distância para
próximo contig, comprimento deste contig, cobertura de alinhamento, identidade, orientação e ID
respectivamente.

Use mapview online usando serviços onworks.net


Ad


Ad

Programas online mais recentes para Linux e Windows