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PROGRAMA:

NOME

maskfeat - Escreva uma sequência com recursos mascarados

SINOPSE

máscara -seqüência sequência [-Tipo corda] [-abaixar alternancia] -máscara corda -outseq sequência

máscara -Socorro

DESCRIÇÃO

máscara é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Editar, Tabelas de recursos".

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência sequência

Adicional seção
-Tipo corda
Por padrão, qualquer recurso na tabela de recursos com um tipo começando com 'repetir' é mascarado.
Você pode definir isso como qualquer tipo de recurso que deseja mascarar. Ver
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para obter uma lista dos tipos de recursos EMBL e consulte
Apêndice A do manual do usuário Swissprot em http://www.expasy.org/sprot/userman.html
para obter uma lista dos tipos de recursos Swissprot. O tipo pode ser curinga usando '*'. Se
você deseja mascarar mais de um tipo, separe seus nomes com espaços ou vírgulas, por exemplo:
* UTR repetir * Valor padrão: repetir *

-abaixar alternancia
A região pode ser 'mascarada' convertendo os caracteres da sequência em minúsculas, alguns
programas não EMBOSS, por exemplo, fasta, podem interpretar isso como uma região mascarada. A sequência é
inalterado, exceto pela mudança de case. Você pode querer garantir que toda a sequência
está em maiúsculas antes de mascarar as regiões especificadas para minúsculas usando o
sinalizador '-supper'. Valor padrão: N

-máscara corda
Caractere para usar ao mascarar. O padrão é 'X' para sequências de proteínas, 'N' para nucleico
sequências. Se o caractere de máscara for definido como o caractere de ESPAÇO ou um caractere nulo,
então a sequência é 'mascarada' mudando-a para minúsculas, assim como com o
sinalizador '-lowercase'. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? X: N)

saída seção
-outseq sequência

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