Este é o comando mcmc_analysis que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
mcmc_analysis - Análise do MCMC
SINOPSE
mcmc_análise [OPÇÕES] Dados MCMC ...
DESCRIÇÃO
Este programa lê a saída MCMC, de um ou vários arquivos, de programas no BEEP
pacote. É importante que as mesmas colunas estejam presentes em cada arquivo de entrada.
Formato de entrada:
Saída de iterações MCMC no formato
onde
é o logaritmo da probabilidade em formato flutuante
é um espaço em branco da guia separando os campos
é um número inteiro para o ordinal da iteração
é uma lista de campos separados por ponto e vírgula contendo
os parâmetros do MCMC.
Os parâmetros MCMC são digitados e dados nomes na primeira linha do arquivo,
que está no formato
# EU N [ ( )] +
Os nomes devem ser exclusivos, mas não necessariamente. o é um
of
flutuar
flutuar
número inteiro
árvore
pares de ortologia
e usado para inferir como analisar e analisar o resto das linhas.
Formato de saída:
Um relatório da execução do MCMC, com estimativas posteriores dos parâmetros.
OPÇÕES
-b [FLOAT | INT]
A porcentagem (0 <= x <1), ou o número de (x é inteiro> = 1) da entrada a ser
descartado como queimado. Padrão: 0.1.
-p STRING
Trace o parâmetro nomeado . A saída é de duas colunas, o número da iteração e
o valor do parâmetro na iteração.
-i STRING
Ignore o parâmetro nomeado. Consulte a linha de cabeçalho na saída MCMC para os nomes das colunas. Vocês
pode nomear várias colunas de uma vez usando um formato delimitado por vírgulas, (por exemplo -i
Comprimento, Nome). Não são permitidos espaços entre os nomes das colunas.
-t Envie LaTex para a análise.
-l Conte e relate o número de amostras no arquivo de entrada.
-mp NT O número máximo de pontos a serem plotados.
-sp Indique explicitamente os pontos nos gráficos.
-coda Arquivo de saída para o pacote CODA em R
-codatrees
O mesmo que -coda, mas inclui parâmetros de árvore. Cada árvore é produzida como um ID inteiro
(ordem de visitação em rede, 1,2, ...). Certifique-se de usar -i para esconder quaisquer árvores
contendo comprimentos / tempos / taxas.
-P Cadeias paralelas. Isso implica que vários arquivos de amostras (paralelas) são listados.
URL
A página inicial do primeiro phylo: http://prime.sbc.su.se
Use mcmc_analysis online usando serviços onworks.net
