mhap - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mhap - sobreposição de sequência probabilística

DESCRIÇÃO

Por favor, defina o -s ou de -p opções. Veja as opções abaixo: MHAP: Protocolo de alinhamento MinHash.
Uma ferramenta para encontrar sobreposições de sequências de leitura longa (como PacBio ou Nanopore) em
bioinformática.

Versão: 1.6, Tempo de construção: 09/12/2015 11:46 Uso 1 (execução direta): java
-servidor -Xmx -jar -s[-q
arquivo>] [-f ] Uso 2 (gerar pré-computado
binários): java -servidor -Xmx -jar -p
-q [-f ]

--alinhamento, padrão = falso
Opção experimental.

--alinhamento-deslocamento, padrão = -0.535
O deslocamento para contabilizar a variação na pontuação de correspondência de alinhamento.

- pontuação de alinhamento, padrão = 1.0E-6
A pontuação de corte para correspondências de alinhamento.

--filtro-limite, padrão = 1.0E-5
[duplo], o ponto de corte no qual o k-mer no arquivo de filtro k-mer é considerado
repetitivo. Este valor para um k-mer específico é especificado na segunda coluna em
o arquivo de filtro. Se nenhum arquivo de filtro for fornecido, esta opção será ignorada.

--Socorro, padrão = falso
Exibe o menu de ajuda.

--max-shift, padrão = 0.2
[double], tamanho da região à esquerda e à direita da sobreposição estimada, conforme derivado
do deslocamento médio e comprimento de sequência, onde as correspondências de k-mer ainda são
considerado válido. Filtro de segundo estágio apenas.

--min-store-length, padrão = 0
[int], O comprimento mínimo da leitura que é armazenado na caixa. Usado para filtrar
leituras curtas do arquivo FASTA.

--nanopore-rápido, padrão = falso
Defina todos os parâmetros para as configurações rápidas do Nanopore. Este é o melhor atual
orientação e pode mudar a qualquer momento sem aviso.

--não-eu, padrão = falso
Não calcule as sobreposições entre as sequências dentro de uma caixa. Deve ser usado quando o
de e para as sequências vêm de arquivos diferentes.

--num-hashes, padrão = 512
[int], número de min-mers a serem usados ​​no MinHashing.

--num-min-partidas, padrão = 3
[int], mínimo # min-mer que deve ser compartilhado antes de calcular o filtro de segundo estágio.
Quaisquer sequências abaixo desse valor são consideradas não sobrepostas.

--num-threads, padrão = 12
[int], número de threads a serem usados ​​para computação. Normalmente definido como 2 x #cores.

--pacbio-rápido, padrão = falso
Defina todos os parâmetros para a configuração rápida do PacBio. Este é o melhor atual
orientação e pode mudar a qualquer momento sem aviso.

--pacbio-sensível, padrão = falso
Defina todos os parâmetros para as configurações sensíveis do PacBio. Este é o melhor atual
orientação e pode mudar a qualquer momento sem aviso.

--store-id completo, padrão = falso
Armazene IDs completos conforme vistos no arquivo FASTA, em vez de armazenar apenas a sequência
posição no arquivo. Alguns arquivos FASTA têm IDS longos, tornando a produção de resultados mais lenta.
Esta opção é ignorada ao usar o formato de arquivo compactado.

--limiar, padrão = 0.04
[duplo], o limite de corte de pontuação de similaridade para o segundo estágio sort-merge
filtro. Isso é baseado no número médio de k-mers correspondentes na sobreposição
região.

--versão, padrão = falso
Exibe a versão e o tempo de construção.

--pesada, padrão = falso
Execute MinHashing ponderado.

-f, padrão = ""
Arquivo de filtro k-mer usado para filtrar k-mers altamente repetitivos. Deve ser classificado
em ordem decrescente de frequência (segunda coluna).

-h, padrão = falso
Exibe o menu de ajuda.

-k, padrão = 16
[int], tamanho k-mer usado para MinHashing. O tamanho k-mer para o filtro de segundo estágio é
separados e não podem ser modificados.

-p, padrão = ""
Uso 2 apenas. O diretório que contém os arquivos FASTA que devem ser convertidos para
formato binário para armazenamento.

-q, padrão = ""
Uso 1: O arquivo FASTA de leituras, ou um diretório de arquivos, que será comparado
o conjunto de leituras na caixa (ver -s) Uso 2: o diretório de saída para o binário
arquivos dat formatados.

-s, padrão = ""
Uso 1 apenas. O arquivo FASTA ou binário dat (ver Uso 2) de leituras que serão
armazenado em uma caixa e com as quais todas as leituras subsequentes serão comparadas.

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