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mia-3dimagefilterstack - Online na nuvem

Execute mia-3dimagefilterstack no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando mia-3dimagefilterstack que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


mia-3dimagefilterstack - Filtra uma série de imagens 3D.

SINOPSE


mia-3dimagefilterstack -i -o -t [opções]


DESCRIÇÃO


mia-3dimagefilterstack Este programa é usado para filtrar e converter um número consecutivo
série cinza de imagens em escala. Os nomes dos arquivos devem seguir o padrão 'dataXXXX.v' (sendo X
dígitos), ou seja, a numeração vem imediatamente antes do ponto.

OPÇÕES


-i --in-file = (entrada, obrigatório); Io
imagem (ns) de entrada a serem filtradas Para os tipos de arquivo suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (saída, obrigatório); Io
base do nome do arquivo de saída, os números são adicionados de acordo com o arquivo de entrada
padrão, e a extensão do arquivo é adicionada de acordo com a opção 'tipo'.
Para os tipos de arquivo suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-t --tipo = (obrigatório); definir
tipo de arquivo de saída tipo de arquivo de saída
Suportado valores estão:( analisar, conjunto de dados, dicom, hdf5, ínria, mhd,
legal, vff, vista vti, vtk, )

Ajuda & Info
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais

--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais

-h --ajuda
imprima esta ajuda

-? --uso
imprimir uma pequena ajuda

--versão
imprima o número da versão e saia

Tratamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).

PLUGINS: 1d / spacialkernel


cdiff Kernel de filtro de diferença central, condições de limite de espelho são usadas.

(sem parâmetros)

gauss kernel do filtro Gauss espacial, os parâmetros suportados são:

w = 1; uint em [0, inf)
largura de meio filtro.

PLUGINS: 1d / splinebc


espelho Condições de limite de interpolação de spline que se espelham no limite

(sem parâmetros)

repetir Condições de limite de interpolação de spline que repete o valor no limite

(sem parâmetros)

zero Condições de limite de interpolação de spline que assume zero para valores fora

(sem parâmetros)

PLUGINS: 1d / splinekernel


spline Criação de kernel B-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [0, 5]
Grau de spline.

mães Criação de kernel OMoms-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [3, 3]
Grau de spline.

PLUGINS: 3dimage / combinador


absdiff Combinador de imagens 'absdiff'

(sem parâmetros)

adicionar Combinador de imagens 'adicionar'

(sem parâmetros)

div Combinador de imagens 'div'

(sem parâmetros)

mul Combinador de imagens 'mul'

(sem parâmetros)

abaixo Combinador de imagens 'sub'

(sem parâmetros)

PLUGINS: 3dimagem / filtro


passa banda filtro passa-banda de intensidade, os parâmetros suportados são:

max = 3.40282e + 38; flutuador
máximo da banda.

minutos = 0; flutuador
mínimo da banda.

binarizar filtro binarizar imagem, os parâmetros suportados são:

max = 3.40282e + 38; flutuador
máximo do intervalo aceito.

minutos = 0; flutuador
mínimo do intervalo aceito.

fechar próximo morfológico, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

combiner Combine duas imagens com o operador combinador fornecido. se 'reverso' estiver definido para
false, o primeiro operador é a imagem passada pelo pipeline de filtro e
a segunda imagem é carregada do arquivo fornecido com o parâmetro 'imagem' o
momento em que o filtro é executado., os parâmetros suportados são:

imagem = (entrada, obrigatório, string)
segunda imagem necessária no combinador.

op = (obrigatório, fábrica)
Combinador de imagens a ser aplicado às imagens. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / combinador

reverso = 0; bool
inverta a ordem em que as imagens passaram para o combinador.

converter filtro de conversão de formato de pixel de imagem, os parâmetros suportados são:

a = 1; flutuador
parâmetro de conversão linear a.

b = 0; flutuador
parâmetro de conversão linear b.

mapa, = optar; ditar
mapeamento de conversão. Os valores suportados são:
optar - aplique uma transformação linear que mapeia o intervalo de entrada real para
toda a gama de produção
alcance - aplicar transformação linear que mapeia o tipo de dados de entrada
intervalo para o intervalo de tipo de dados de saída
cópia - copiar dados ao converter
linear - aplique a transformação linear x -> a * x + b
optstat - aplicar uma transformação linear que mapeia com base na média de entrada e
variação para toda a faixa de saída

representante = ubyte; ditar
tipo de pixel de saída. Os valores suportados são:
Nenhum - nenhum tipo de pixel definido
flutuar - ponto flutuante de 32 bits
byte - assinado 8 bits
Ulong - 64 bits sem sinal
duplo - ponto flutuante de 64 bits
sint - assinado 32 bits
ushor - 16 bits sem sinal
curto - assinado 16 bits
uint - 32 bits sem sinal
comprido - assinado 64 bits
bocado - dados binários
ubyte - 8 bits sem sinal

colheita Recorte uma região de uma imagem, a região é sempre fixada à imagem original
tamanho no sentido de que o intervalo fornecido é mantido., os parâmetros suportados são:

final = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; transmitível
fim da faixa de corte, máximo = (-1, -1, -1).

começo = [[0,0,0]]; transmitível
início da faixa de cultivo.

dilata Filtro de dilatação de pilha de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

distância Avalie a transformação de distância 3D de uma imagem. Se a imagem for uma máscara binária,
então o resultado da transformação da distância em cada ponto corresponde ao euclidiano
distância para a máscara. Se a imagem de entrada tiver um valor de pixel escalar, então o
este escalar é interpretado como campo alto e o valor por pixel adiciona ao
distância.

(sem parâmetros)

reduzir Reduza a escala da imagem de entrada usando um determinado tamanho de bloco para definir a escala
fator. Antes de dimensionar, a imagem é filtrada por um filtro de suavização para
elimine dados de alta frequência e evite artefatos de aliasing., compatível
os parâmetros são:

b = [[1,1,1]]; 3dlimites
tamanho do bloco.

bx = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção x.

by = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção y.

bz = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção z.

núcleo = gauss; fragmento
kernel do filtro de suavização a ser aplicado, o tamanho do filtro é estimado
com base no tamanho do bloco ..

corroer Filtro de erosão da pilha de imagens 3D, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

gauss Filtro gauss 3D isotrópico, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [0, inf)
parâmetro de largura do filtro.

graduação Imagem 3D para filtro de norma de gradiente

(sem parâmetros)

máscara de crescimento Use uma máscara binária de entrada e uma imagem de referência em escala de cinza para fazer o crescimento da região
adicionando os pixels da vizinhança de um pixel já adicionado, se houver um menor
intensidade que está acima do limite fornecido., os parâmetros suportados são:

minutos = 1; flutuador
limite inferior para o crescimento da máscara.

ref = (entrada, obrigatório, string)
imagem de referência para o crescimento da região da máscara.

forma = 6n; fábrica
máscara de bairro. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

invertido filtro de inversão de intensidade

(sem parâmetros)

isovoxel Este filtro dimensiona uma imagem para tornar o tamanho do voxel isométrico e seu tamanho para
correspondem ao valor fornecido, os parâmetros suportados são:

interpor = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolação a ser usado. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

tamanho = 1; flutuar em (0, inf)
tamanho do voxel do alvo isométrico.

km significa Filtro k-means imagem 3D. Na imagem de saída, o valor do pixel representa o
a associação de classe e os centros de classe são armazenados como atributos na imagem.,
os parâmetros suportados são:

c = 3; int em [2, inf)
número de aulas.

rótulo Um filtro para rotular os componentes conectados de uma imagem binária., Compatível
os parâmetros são:

n = 6n; fábrica
máscara de bairro. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

mapa de etiquetas Filtro de imagem para remapear os IDs do rótulo. Aplicável apenas a imagens com valor inteiro
intensidades / rótulos., os parâmetros suportados são:

mapa, = (entrada, obrigatório, string)
Arquivo de mapeamento de etiqueta.

escala de rótulos
Um filtro que cria apenas voxels de saída que já foram criados na entrada
imagem. O escalonamento é feito usando um algoritmo de votação que seleciona o alvo
valor de pixel com base na contagem de pixels mais alta de um determinado rótulo no
região de origem correspondente. Se a região compreende dois rótulos com o mesmo
contagem, aquele com o menor número vence., os parâmetros suportados são:

fora do tamanho = (obrigatório, 3dbounds)
tamanho do alvo fornecido como dois valores separados por vírgulas.

carregar Carregue a imagem de entrada de um arquivo e use-a para substituir a imagem atual no
pipeline., os parâmetros suportados são:

lima = (entrada, obrigatório, string)
nome do arquivo de entrada a partir do qual carregar ..

lvdownscale
Este é um filtro de escala inferior de votação de rótulo. Ele redimensiona uma imagem 3D por blocos.
Para cada bloco, o rótulo (diferente de zero) que aparece na maioria das vezes no bloco é
emitido como pixel de saída na imagem de destino. Se dois rótulos aparecerem com o mesmo número
muitas vezes, aquele com o menor valor absoluto vence., os parâmetros suportados são:

b = [[1,1,1]]; 3dlimites
tamanho do bloco para o downscaling. Cada bloco será representado por um pixel
na imagem alvo ..

máscara Mascare uma imagem, uma imagem é tirada da lista de parâmetros e a outra de
a entrada de filtro normal. Ambas as imagens devem ter as mesmas dimensões e uma deve
seja binário. Os atributos da imagem que vem através do pipeline de filtro são
preservado. O tipo de pixel de saída corresponde à imagem de entrada que não é
binário., os parâmetros suportados são:

entrada = (entrada, obrigatório, string)
segundo nome de arquivo de imagem de entrada.

significar Filtro médio de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

mediana filtro 3d mediano, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

mlv Filtro de imagem 3D de média de mínima variação, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

msnormalizador
Filtro de normalização de sigma médio de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

aberto Os parâmetros morfológicos abertos e suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

reorientar Filtro de reorientação de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

mapa, = xyz; ditar
mapeamento de orientação a ser aplicado. Os valores suportados são:
p-zxy - permutar x-> y-> z-> x
r-x180 - girar em torno do eixo x no sentido horário 180 graus
xyz - manter a orientação
p-yzx - permutar x-> z-> y-> x
r-z180 - girar em torno do eixo z no sentido horário 180 graus
r-y270 - girar em torno do eixo y no sentido horário 270 graus
porra - flip xz
porra - flip yz
r-x90 - girar em torno do eixo x no sentido horário 90 graus
r-y90 - girar em torno do eixo y no sentido horário 90 graus
r-x270 - girar em torno do eixo x no sentido horário 270 graus
r-z270 - girar em torno do eixo z no sentido horário 270 graus
r-z90 - girar em torno do eixo z no sentido horário 90 graus
porra - flip xy
r-y180 - girar em torno do eixo y no sentido horário 180 graus

redimensionar Redimensione uma imagem. Os dados originais são centralizados na nova imagem de tamanho.,
os parâmetros suportados são:

tamanho = [[0,0,0]]; transmitível
novo tamanho da imagem, um tamanho 0 indica para manter o tamanho do
dimensão correspondente ..

areia filtro 3d sal e pimenta, os parâmetros suportados são:

debulhar = 100; flutuar em [0, inf)
valor de limiar.

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

escada Filtro de imagem 3D dimensionado para um determinado tamanho de destino, os parâmetros suportados são:

interpor = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolação a ser usado. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlimites
tamanho de destino para definir todos os componentes de uma vez (componente 0: usar imagem de entrada
Tamanho).

sx = 0; uint em [0, inf)
tamanho alvo na direção x (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

sy = 0; uint em [0, inf)
tamanho do alvo na direção y (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

sz = 0; uint em [0, inf)
tamanho do alvo na direção y (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

selecionar grande Um filtro que cria uma máscara binária que representa a intensidade com a maior
contagem de pixels. O valor de pixel 0 será ignorado, e se duas intensidades tiverem o
mesma contagem de pixels, o resultado é indefinido. O pixel de entrada deve ter um
tipo de pixel integral.

(sem parâmetros)

sepconv Filtro de convolução separado da intensidade da imagem 3D, os parâmetros suportados são:

kx = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção x. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

ky = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção y. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

kz = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção z. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

sws nascente de água semeada. O algoritmo extrai exatamente tantas reações quanto as iniciais
os rótulos são fornecidos na imagem inicial., os parâmetros suportados são:

grad = 0; bool
Interprete a imagem de entrada como gradiente. .

marca = 0; bool
Marque as bacias hidrográficas segmentadas com um valor especial de escala de cinza.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vizinhança para o crescimento da região das nascentes. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: imagem / forma 3D

semente = (entrada, obrigatório, string)
imagem de entrada de seed contendo os rótulos para as regiões iniciais.

tee Salve a imagem de entrada em um arquivo e também passe para o próximo filtro,
os parâmetros suportados são:

lima = (saída, obrigatório, string)
nome do arquivo de saída para salvar a imagem também ..

desbaste Afinamento morfológico 3D, baseado em: Lee and Kashyap, 'Building Skeleton Models
via algoritmos de afinamento de superfície / eixo 3-D, modelos gráficos e imagem
Processamento, 56(6): 462-478, 1994. Esta implementação suporta apenas o 26
Vizinhança.

(sem parâmetros)

transformar Transforme a imagem de entrada com a transformação fornecida., Parâmetros suportados
são:

lima = (entrada, obrigatório, string)
Nome do arquivo que contém a transformação.

fronteira =; fragmento
substituir as condições de limite de interpolação de imagem.

imgkernel =; fragmento
substituir o kernel do interpolador de imagem.

variação Filtro de variação de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

ws segmentação básica da cabeça de água., os parâmetros suportados são:

avaliação = 0; bool
Defina como 1 se a imagem de entrada não representar uma imagem de norma de gradiente.

marca = 0; bool
Marque as bacias hidrográficas segmentadas com um valor especial de escala de cinza.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vizinhança para o crescimento da região das nascentes. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: imagem / forma 3D

debulhar = 0; flutuar em [0, 1)
Limiar de norma de gradiente relativo. O valor limite do valor real é
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins separados por gradientes
com uma norma inferior serão unidos.

PLUGINS: 3dimage / io


analisar Analisar imagem 7.5

Extensões de arquivo reconhecidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos suportados:
8 bits não assinados, 16 bits assinados, 32 bits assinados, ponto flutuante 32 bits,
ponto flutuante de 64 bits

conjunto de dados IO virtual de e para o pool de dados interno

Extensões de arquivo reconhecidas:. @

dicom Série de imagens Dicom como 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos suportados:
16 bits com sinal, 16 bits sem sinal

hdf5 IO de imagem 5D HDF3

Extensões de arquivo reconhecidas: .H5, .h5

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, flutuante
ponto de 32 bits, ponto flutuante de 64 bits

ínria Imagem INRIA

Extensões de arquivo reconhecidas: .INR, .inr

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

mhd MetaIO 3D IO de imagem usando a implementação VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

bacana NIFTI-1 imagem 3D IO

Extensões de arquivo reconhecidas: .NII, .nii

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, ponto flutuante 32
bit, ponto flutuante 64 bits

vff Formato raster VFF Sun

Extensões de arquivo reconhecidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos suportados:
8 bits sem sinal, 16 bits com sinal

vista Visualização 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

vti Entrada e saída VTK-XML de imagem 3D (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

vtk Entrada e saída de legado de imagem 3D VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

PLUGINS: Imagem / forma 3D


18n Criador de formas 18D de bairro 3n

(sem parâmetros)

26n Criador de formas 26D de bairro 3n

(sem parâmetros)

6n Criador de formas 6D de bairro 3n

(sem parâmetros)

esfera Vizinhança de forma esférica fechada, incluindo os pixels dentro de um determinado raio
r., os parâmetros suportados são:

r = 2; flutuar em (0, inf)
raio da esfera.

PLUGINS: 3dtransform / io


与奥巴马再次尝试的欲望几乎没有。 如果它仍然是一部分,但利比亚的最后残余后消失。 俄罗斯,但是,燃烧物从自己的屈辱往年,没有尝试在分美国建设性谈判。 IO serializado binário (não portátil) de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .bbs

conjunto de dados IO virtual de e para o pool de dados interno

Extensões de arquivo reconhecidas:. @

vista Armazenamento Vista de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .v, .v3dt

xml XML serializado IO de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .x3dt

EXEMPLO


Execute um filtro de média-mínima-variação em uma série de imagens que seguem o padrão de numeração
imageXXXX.hdr e armazene a saída nas imagens filtradasXXXX.hdr

mia-3dimagefilterstack -i image0000.hdr -o filtrado -t hdr mlv: w = 2

AUTOR (es)


Gert Wollny

DIREITOS AUTORAIS


Este software é protegido por Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemanha e Madrid, Espanha. Vêm
com ABSOLUTAMENTE NENHUMA GARANTIA e você pode redistribuí-lo sob os termos do GNU
LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.

Use mia-3dimagefilterstack online usando serviços onworks.net


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