mincresample - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mincresample - faz uma nova amostra de um arquivo minc ao longo de novas dimensões espaciais

SINOPSE

amostra mínima [ ]

DESCRIÇÃO

Amostra mínima irá reamostrar um arquivo minc ao longo de novas dimensões espaciais com novo voxel
posições. Cada volume no arquivo de entrada (dado pelas dimensões espaciais xspace, yspace
e zspace) é reamostrado de acordo com as opções de linha de comando. As dimensões não espaciais são
preservados em sua ordem original, mas as dimensões espaciais podem ser reordenadas para dar
imagens transversais, sagitais ou coronais. Os novos valores de voxel são calculados usando tri
interpolação linear, tri-cúbica ou vizinho mais próximo.

QUINTA DANAÉ COORDENADAS

As coordenadas mundiais referem-se a coordenadas milimétricas em relação a alguma origem física
(o scanner ou alguma estrutura anatômica). As coordenadas Voxel são simplesmente
índices no volume da imagem de um determinado voxel. A fim de especificar apropriado
opções de reamostragem, é necessário entender como funcionam as conversões de coordenadas MINC.

Cada dimensão de um volume de imagem MINC é especificada por nome - as dimensões espaciais são
xspace, yspace e zspace. A convenção é que as coordenadas xspace positivas rodam a partir do
lado esquerdo do paciente para o lado direito, coordenadas de espaço y positivas executadas da parte posterior do paciente
para as coordenadas anteriores e positivas do espaço z vão de inferior para superior. Para cada um de
essas dimensões espaciais, a conversão de coordenadas mundiais é especificada por um par de
atributos: etapa e início. A coordenada mundial xspace, por exemplo, é calculada usando x
= v * etapa + início, onde x é a coordenada mundial x ev é a contagem de voxel (começando em
zero). Assim, a magnitude do atributo step especifica a distância entre voxels e
o sinal do atributo step especifica a orientação do eixo.

Há uma outra reviravolta: os arquivos MINC podem ter eixos não ortogonais com o
dimensões não perfeitamente alinhadas com o eixo nomeado. Pode haver um direction_cosine
atributo que dá a verdadeira orientação do eixo. Por exemplo, normalmente o xspace
dimensão deve estar alinhada com o eixo x mundial, ou seja, cosseno de direção = (1,0,0); Contudo,
é possível ter um cosseno de direção de (0.9, 0.43589, 0).

Esses atributos (etapa, início e direção_cosines) fornecem uma conversão de voxel
coordenadas para coordenadas mundiais. Combinado com uma série de elementos ou amostras ao longo de um
eixo, eles fornecem uma descrição completa de onde a amostra de saída deve estar.
No entanto, quando estamos reamostrando os dados, frequentemente estamos interessados ​​em uma mudança de mundo
coordenadas: do sistema de coordenadas de um scanner de ressonância magnética para o sistema de coordenadas de um scanner PET,
por exemplo, ou de um volume em seu espaço de aquisição para coordenadas em um padrão
espaço. Esta mudança de coordenadas mundiais pode ser especificada através do uso de um
arquivo de transformação (.xfm). Assim, em geral, a reamostragem envolve três
transformações: das coordenadas de voxel do arquivo de entrada para suas coordenadas mundiais
(especificado pelo arquivo de entrada), das coordenadas mundiais de entrada para o mundo de saída
coordenadas (especificadas pelo arquivo de transformação) e do mundo do arquivo de saída
coordenadas para suas coordenadas de voxel (especificadas por opções de linha de comando).

Em geral, cossenos de direção raramente são usados ​​- a reorientação do eixo é especificada por um
mudança de coordenadas mundiais (o arquivo de transformação). Além disso, as posições de reamostragem
(conversão de mundo de saída para voxel) são frequentemente especificados em relação a um arquivo de modelo (ou seja,
reamostrar este arquivo para que se pareça com aquele arquivo). Embora existam muitas opções para um
especificação completa da transformação, geralmente não é necessário especificar mais
do que alguns deles.

OPÇÕES

Observe que as opções podem ser especificadas de forma abreviada (desde que sejam exclusivas) e
pode ser fornecido em qualquer lugar na linha de comando.

Geral opções

-2 Crie arquivos de saída no formato MINC 2.0.

-espancar
Substitua um arquivo existente.

-noclobber
Não substitua um arquivo existente (padrão).

-verboso
Imprima informações de progresso para cada fatia calculada (padrão).

-quieto Não imprima informações de progresso.

Reamostragem especificação

Opções que fornecem a amostra de saída (todas as seguintes, exceto -transformação) estamos
analisados ​​na ordem em que aparecem na linha de comando. Assim, um comando com -gostar
arquivo.mnc -znelelementos 34 -zpasso 2 dará uma amostra como aquela no arquivo em arquivo.mnc mas a
com 34 amostras a 2 mm ao longo do zspace eixo. A amostra padrão é tirada do
arquivo de entrada, transformado de acordo com qualquer transformação.

-transformação arquivo.xfm
Especifique um arquivo que fornece a transformação das coordenadas mundiais (o padrão é a identidade
transformação).

-inverter_transformação
Inverta a transformação antes de usá-la.

-noinvert_transformação
Não inverta a transformação (padrão).

-tfm_input_sampling
Transforme a amostra de entrada (usando a transformação especificada por -transformação)
junto com os dados e use isso como a amostra padrão (padrão).

-use_input_sampling
Use a amostragem de entrada como a amostragem padrão, como é, sem transformação, mesmo
embora os dados estejam sendo transformados (comportamento antigo).

-gostar arquivo.mnc
Especifique um arquivo de modelo que forneça o mundo de saída para a transformação e número de voxel
de elementos (ou seja, transformar este arquivo para que se pareça com aquele).

-amostra_padrão
Defina a amostragem para os valores padrão (início = 0, etapa = 1, ponto de cossenos de direção
ao longo de eixos apropriados).

-tipo de espaço corda
Defina o nome do espaço de saída (normalmente nativo____ or talairach_).

-talairach
Defina o nome do espaço de saída para talairach_.

-unidades corda
Defina as unidades do espaço de saída.

-origem ox oy oz
Especifique a coordenada do primeiro voxel. Este não é o mesmo que o valor inicial
se os cossenos de direção não forem padronizados. Além disso, o início não é apenas um
projeção perpendicular da origem ao eixo, é uma projeção paralela
(como em uma projeção de paralelogramo multidimensional). A conversão é tratada
adequadamente por esta opção.

-elementos nx ny nz
Número de elementos ao longo de cada uma das dimensões do mundo.

-xelementos nx
Número de elementos ao longo da dimensão xspace.

-elementos ny
Número de elementos ao longo da dimensão yspace.

-znelelementos nz
Número de elementos ao longo da dimensão zspace.

-degrau xpasso sim passo z
Passe entre os voxels ao longo de cada uma das dimensões do mundo.

-xpasso xpasso
Passe entre os voxels ao longo da dimensão xspace.

-ystep sim
Passe entre os voxels ao longo da dimensão yspace.

-zpasso passo z
Passe entre os voxels ao longo da dimensão zspace.

-Começar xstart começo zstart
Posição do centro do primeiro voxel ao longo de cada uma das dimensões do mundo.

-xstart xstart
Posição do centro do primeiro voxel ao longo da dimensão xspace.

-ystart começo
Posição do centro do primeiro voxel ao longo da dimensão yspace.

-zstart zstart
Posição do centro do primeiro voxel ao longo da dimensão zspace.

-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Cossenos de direção para cada um dos eixos mundiais.

-xdircos x1 x2 x3
Cossenos de direção para a dimensão xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Cossenos de direção para a dimensão yspace.

-zdircos z1 z2 z3
Cossenos de direção para a dimensão zspace.

Dimensão ordenação

O padrão é preservar a ordem de dimensão original.

-transversal
Escreva fatias transversais.

-sagital
Escreva fatias sagitais.

-coronal
Escreva as fatias coronais.

saída dados, tipo e alcance

O padrão para tipo, sinal e intervalo válido é usar aqueles do arquivo de entrada. Se o tipo for
especificado, o sinal e o intervalo válido são definidos como o padrão para esse tipo. Se o sinal é
especificado, o intervalo válido é definido como o padrão para o tipo e sinal.

-byte Armazene voxels de saída em formato inteiro de 8 bits.

-baixo Armazene voxels de saída em formato inteiro de 16 bits.

-int Armazene voxels de saída em formato inteiro de 32 bits.

-longo Substituída por -int.

-flutuador Armazene voxels de saída em formato de ponto flutuante de 32 bits.

-Duplo
Armazene voxels de saída em formato de ponto flutuante de 64 bits.

-assinado
Escreva os valores como inteiros com sinal (padrão para curto e longo). Ignorado por
tipos de ponto flutuante.

- sem assinatura
Escreva os valores como inteiros sem sinal (padrão para byte). Ignorado por flutuar
tipos de pontos.

-alcance minutos max
especifica o intervalo válido de valores de voxel de saída. O padrão é o intervalo completo para o
digite e assine. Esta opção é ignorada para valores de ponto flutuante.

-keep_real_range
Preserve o mínimo e máximo reais do volume de entrada, de modo que os valores sejam
dimensionado da mesma forma na saída. Isso é particularmente útil para reamostrar o rótulo
volumes onde a interpolação de valores de intensidade não faz sentido.

-nokeep_real_range
Recompute o mínimo e o máximo reais para cada fatia de saída. Este é o padrão.

Manipulação of indefinido (inválido) voxel valores

-preencher Os voxels de saída que ficam fora do volume de entrada têm valores indefinidos. Quando o
-preencher opção for usada, esses voxels recebem um valor que está fora do válido
intervalo (menor que o mínimo válido, se o tipo, sinal e intervalo válido permitirem)
que eles podem ser detectados por outro software. Os valores desses voxels não são
incluído em imagem-max e imagem-min variáveis.

-Sem preenchimento
Use um valor real / físico (não o valor de voxel) de zero para pontos fora da entrada
volume. Esses pontos são incluídos no cálculo do imagem-max e imagem-min
variáveis. Este é o padrão.

-preencher valor valor de preenchimento
Especifica um valor real / físico (não o valor de voxel) para pontos fora da entrada
volume. Os pontos não são incluídos no cálculo do imagem-max e imagem-
minutos variáveis.

Interpolação opções

-trilinear
Faça uma interpolação tri-linear entre voxels. As bordas do volume estão no
centro do primeiro e último voxels de uma dimensão. Este é o padrão.

-tricúbico
Faça uma interpolação tri-cúbica entre os voxels. As bordas do volume estão no
centro do primeiro e último voxels de uma dimensão.

-neighbour_neighbour
Faça a interpolação do vizinho mais próximo entre os voxels (ou seja, encontre o voxel mais próximo de
o ponto e usar seu valor). As bordas do volume estão na borda do primeiro
e últimos voxels de uma dimensão (centro +/- separação de meio voxel).

-sinc Faça interpolação sinc de janela renormalizada entre voxels, conforme descrito por Thacker
et al. JMRI 10: 582-588 (1999).

-largura n
Especifica a meia largura do kernel de interpolação sinc, no intervalo de 1 a
10. A largura total do kernel sinc é n * 2 + 1 e, portanto, varia de 3 a 21.
O valor padrão é 5, dando uma largura total de 11.

-hanning
Use uma janela Hanning com o interpolante sinc. Este é o padrão.

- vergonha
Use uma janela de Hamming com o interpolante sinc.

Generic opções

-Socorro Imprime o resumo das opções da linha de comando e sai.

-versão
Imprima o número da versão do programa e saia.

EXEMPLOS

Faça uma nova amostra do cérebro de um indivíduo em um espaço padronizado em uma grade de amostragem padrão:

mincreamostra individual.mnc in_std_space.mnc \
-transformar transform_to_standard_space.xfm\
-como standard_sampling.mnc

Faça uma nova amostra de um volume de ressonância magnética para corresponder a um volume PET, mas com resolução mais precisa:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc\
-step 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-elementos 256 256 64

Transforme um volume transversal em um volume sagital:

mincresample transversal.mnc sagittal.mnc \
-sagital -maispróximo

Transforme um volume transversal de 256x256x64 (1x1x2mm) em um volume sagital de 256x128x256 (1x1x1mm):

mincresample transversal.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zpasso 1 -znelem 128

Obtenha uma amostra axial mais precisa em um volume PET:

mincreamostra pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zpasso 2 -zelementos 46

Use mincresample online usando serviços onworks.net