miraconvert - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

miraconvert - converte tipos de arquivos de montagem e sequenciamento

SINOPSE

miraconvertido [-f ] [-t [-t ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPÇÕES

-f
carregue este tipo de arquivos de projeto, onde fromtype é:

café uma montagem completa ou sequências únicas do CAF

maf uma montagem completa ou sequências únicas do CAF

rápido sequências de um arquivo FASTA

rápido sequências de um arquivo FASTQ

gb [f | k | ff] sequências de um arquivo GenBank

phd sequências de um arquivo PHD

fofnexp sequências em arquivos EXP a partir de arquivos de nomes de arquivos

-t
escrever as sequências / montagem para este tipo (várias menções de -t são autorizadas):

ás sequências ou montagem completa para ACE

café sequências ou montagem completa para CAF

maf sequências ou montagem completa para MAF

sam montagem completa para SAM

Samnbb como acima, mas deixando de fora a referência (backbones) em assemblies de mapeamento

gb [f | k | ff] sequências ou consenso para GenBank

gff3 consenso para GFF3

peruca informações de cobertura de montagem para arquivo wiggle

gcwig assembly informações de conteúdo gc para arquivo wiggle

rápido sequências ou consenso para arquivo FASTA (qualidades para .qual)

rápido sequências ou consenso para arquivo FASTQ

exp sequências ou montagem completa para arquivos EXP em diretórios. Montagens completas
são adequados para importação gap4 como montagem direcionada. Nota: usando caf2gap para importar
em gap4 é recomendado embora

texto montagem completa para alinhamento de texto (somente quando -f is café, maf or gbf)

html montagem completa em HTML (somente quando -f is café, maf or gbf)

TCS montagem completa para tcs

hsnp em torno de tags SNP (SROc, SAOc, SIOc) para HTML (somente quando -f is café, maf
or gbf)

asnp análise de tags SNP (somente quando -f is café, maf or gbf)

estatísticas arquivo de estatísticas contig como do MIRA (somente quando a fonte contém contigs)

listar contig ler arquivo de lista como do MIRA (somente quando a fonte contém contigs)

mascarado lê onde o vetor de sequenciamento está mascarado (com X) para o arquivo FASTA
(qualidades para .qual)

scaf sequências ou montagem completa em sequências únicas CAF

-a Anexar aos arquivos de destino em vez de reescrever

-A Não ajuste a caixa de sequência

Ao ler formatos que definem pontos de recorte e salvar em formatos que
não tem informação de recorte, miraconvert normalmente ajusta o caso de ler
sequências: minúsculas para partes cortadas, maiúsculas para partes não cortadas de leituras.
Use -A se você não quer isso. Veja também -C.

Aplica-se apenas a arquivos / formatos que não contêm contigs.

-b Dados cegos

Substitui todas as bases em leituras / contigs por um 'c'

-C Execute um clipe difícil para ler

Ao ler formatos que definem pontos de recorte, salvará apenas os não recortados
parte no arquivo de resultado.

Aplica-se apenas a arquivos / formatos que não contêm contigs.

-d Excluir colunas de lacuna apenas

Quando a saída é contigs: exclua colunas que são totalmente lacunas (como depois de ter
leituras excluídas durante a edição em gap4 ou similar)

Quando a saída é lida: exclua as lacunas nas leituras

-F Filtrar grupos de leitura para arquivos diferentes

Funciona apenas para arquivos de entrada com grupos de leitura (CAF / MAF) 3 (ou 4) arquivos gerados: um
ou dois para emparelhados, um para não emparelhados e um para leituras de detritos.

As leituras em arquivos emparelhados são entrelaçadas por padrão, use -F duas vezes para criar separado
arquivos.

-m Faça contigs (apenas para -t = café or maf)

Encase leituras únicas como singlets de contig no arquivo CAF / MAF.

-n
quando fornecido, seleciona apenas leituras ou contigs fornecidos pelo nome naquele arquivo.

-N
como -n, mas classifica a saída de acordo com a ordem fornecida no arquivo.

-i quando -n é usado, inverte a seleção

-o t
Compensação de qualidade FASTQ (apenas para -f = 'fastq')

Compensação dos valores de qualidade no arquivo FASTQ. Padrão de 33 carrega o estilo Sanger / Phred
arquivos, usando 0 tenta reconhecê-los automaticamente.

-P
String com parâmetros MIRA a serem analisados

Útil ao definir parâmetros que afetam a chamada de consenso, como -CO: mrpg etc.

Por exemplo: -P "454_SETTINGS -CO: mrpg = 3 "

-q
Defina a qualidade padrão para bases em tipos de arquivo sem valores de qualidade. Além disso, faça
não pare se os arquivos de qualidade esperada estiverem faltando (por exemplo, '.fasta')

-R
Renomear contigs / singlets / leituras com a string de nome fornecida para a qual um contador é
anexado.

Bug conhecido: criará nomes duplicados se a entrada também contigs / singlets
como leituras gratuitas, ou seja, não são lidas em contigs nem em singlets.

-S
(nome) Esquema para renomear leituras, importante para extremidades emparelhadas. Apenas 'solexa' é
atualmente suportado.

-T Ao converter leituras únicas, apare / corte trechos de N e X e extremidades de
lê. Nota: lembre-se de usar -C para também realizar um clipe rígido (por exemplo, com FASTA como
resultado).

-v Imprimir o número da versão e sair

-Y
Produção. Bases máximas (cortadas / acolchoadas) para converter.

Quando usado em leituras: a saída irá conter as primeiras leituras do arquivo onde o comprimento do recortado
bases totais pelo menos -Y. Quando usado em contigs: a saída conterá os primeiros contigs
do arquivo onde o comprimento dos contigs preenchidos totaliza pelo menos -Y.

As seguintes opções funcionam apenas quando a entrada (CAF ou MAF) contém contigs. Cuidado: CAF e
O MAf também pode conter apenas leituras.

-M Não extraia contigs (ou seu consenso), mas a sequência das leituras que eles são
composto de.

-r [cCqf]
Recalcule os valores de consenso e / ou consenso de qualidade e / ou tags de recursos SNP.

'c'Recalc contras e contras qualidades (com IUPAC)

'C'recalc contras e contras (forçando não-IUPAC)

'q'recalcular qualidades de consenso apenas

'f'Recalc SNP features

Nota: apenas o último de cCq é relevante, f funciona como um interruptor e pode ser combinado
de cQq (por exemplo "-r C -r f")

Nota: se o CAF / MAF contém várias cepas, recálculo de contras e contras
qualidades é forçado, você pode apenas influenciar se IUPACs são usados ​​ou não.

-s dividir a saída em vários arquivos em vez de criar um único arquivo

-u 'fillUp strain genomes'

Preencher buracos no genoma de uma cepa (N ou @) com a sequência de um consenso de
outras cepas

Tem efeito apenas com -r e -t gbf ou fasta / q em FASTA / Q: as bases preenchidas estão em
minúsculas em GBF: as bases preenchidas estão em maiúsculas

-Q
Define a qualidade mínima que uma base de consenso de uma cepa deve ter, bases de consenso
abaixo será 'N' Padrão: 0

Usado apenas com -r e -f é caf / maf e -t é (fasta ou gbf)

-V
Define a cobertura mínima que uma base de consenso de uma cepa deve ter, bases com
a cobertura abaixo disso será 'N' Padrão: 0

Usado apenas com -r e -t é (fasta ou gbf)

-x
Contig mínimo ou comprimento de leitura não cortado

Ao carregar, descarte todos os contigs / leituras com um comprimento menor que este valor.
Padrão: 0 (= desligado)

Nota: não se aplica a leituras em contigs!

-X
Semelhante a -x mas se aplica apenas a leituras e depois ao comprimento recortado.

-y
Cobertura média mínima de contigs Ao carregar, descarte todos os contigs com uma média
cobertura inferior a este valor. Padrão: 1

-z
Número mínimo de leituras em contig Ao carregar, descartar todos os contigs com um número
de leituras menos do que este valor. Padrão: 0 (= desligado)

-l
na saída como texto ou HTML: número de bases mostrado em uma linha de alinhamento. Predefinição:
60.

-c
quando gerado como texto ou HTML: caractere usado para preencher lacunas nas extremidades. Padrão: '' (em branco)

EXEMPLOS

miraconvert fonte.maf destino.sam

miraconvert source.caf dest.fasta peruca ace

miraconvert -x 2000 -y 10 fonte.caf dest.caf

miraconvert -x 40 -C -F -F fonte.maf .fastq

miraconvert: Faltando infile e out-basename como argumentos!

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