primer3_core - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

primer3_core - Projeta primers para PCR

SINOPSE

primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ Arquivo de entrada]

DESCRIÇÃO

primer3_core seleciona primers para reações de PCR, considerando como critério o oligonucleotídeo
temperatura de fusão, tamanho, conteúdo de GC e possibilidades de dímero de primer, tamanho do produto de PCR,
restrições posicionais dentro da sequência de origem e diversas outras restrições.

Por padrão, primer3_core aceita entrada e produz saída no formato Boulder-io, um pré-XML
formato de entrada / saída baseado em texto para formato de intercâmbio de dados de programa para programa. o
O formato Boulder-io e os comandos que primer3_core entende são descritos no
README arquivo, que em sistemas Debian pode ser encontrado em / usr / share / doc / primer3 /.

OPÇÕES

-formato_saída
Imprime um relatório mais orientado para o usuário para cada sequência.

-strict_tags
primer3_core ecoa e ignora todas as tags que não reconhece, a menos que o
-strict_tags sinalizador é definido na linha de comando, caso em que primer3_core imprime um
erro na tag de saída PRIMER_ERROR e imprime informações adicionais no stdout;
esta opção pode ser útil para depurar sistemas que incorporam primer.

Note
O sinalizador antigo -2x_compat não é mais compatível.

SAIR STATUS CÓDIGOS

· 0 em operação normal.

· -1 nas seguintes condições: argumentos ilegais de linha de comando, incapaz de fflush
stdout, incapaz de abrir (para escrever e criar) um arquivo .for, .rev ou .int (provavelmente
devido a um problema de proteção).

· -2 em falta de memória.

· -3 entrada vazia.

· -4 erro em um tag de entrada "Global" (mensagem em PRIMER_ERROR).

REFERÊNCIA

Por favor, cite Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 na WWW para usuários em geral e para
biologist programmers. "Em S. Krawetz e S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocolos da série Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
páginas 365-386.

Use primer3_core online usando serviços onworks.net