Este é o comando sirnae que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas múltiplas estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online de Windows ou emulador online de MAC OS.
PROGRAMA:
NOME
sirna - Encontra duplexes de siRNA no mRNA
SINOPSE
serna -seqüência sequência [-poliii booleano] [-aa booleano] [-tt booleano] [-polibase booleano]
-arquivo de saída -outseq seqoutall [-contexto booleano]
serna -Socorro
DESCRIÇÃO
serna é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open Software
Suíte"). Faz parte do comando "Nucleico:Sítios funcionais,Nucleico:Estrutura 2D"
grupo (s).
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
Seqüência entrada opções
-poliii booleano
Esta opção permite selecionar apenas as 21 sondas de base que começam com uma purina e
então pode ser expresso a partir de vetores de expressão Pol III. Isto é o NARN(17)Padrão YNN
isso foi sugerido por Tuschl et al. Valor padrão: N
-aa booleano
Esta opção permite selecionar apenas as 23 regiões base que começam com AA. Se
esta opção não for selecionada, então as regiões que começam com AA serão favorecidas, dando
uma pontuação mais alta, mas as regiões que não começam com AA também serão relatadas.
Valor padrão: N
-tt booleano
Esta opção permite selecionar apenas as 23 regiões base que terminam com TT. Se este
opção não for selecionada, então as regiões que terminam com TT serão favorecidas, dando-lhes um
pontuação mais alta, mas as regiões que não terminam com TT também serão relatadas. Padrão
valor: N
-polibase booleano
Se esta opção for FALSA, então apenas as 23 regiões base que não possuem repetição de 4 ou
mais bases consecutivas serão relatadas. Nenhuma região jamais será informada que
tem 4 ou mais G's consecutivos. Valor padrão: Y
saída seção
-arquivo de saída
A saída é uma tabela das partes direta e reversa do duplex de siRNA de 21 bases.
Ambas as sequências direta e reversa são escritas de 5' a 3', prontas para serem ordenadas. O
as duas últimas bases foram substituídas por 'dTdT'. A posição inicial da base 23
região e o conteúdo% GC também é fornecido. Se você deseja ver a base 23 completa
sequência e, em seguida, observe a sequência no outro arquivo de saída ou use o
qualificador '-context' que exibirá as 23 bases da sequência direta neste
relatório com as duas primeiras bases entre colchetes. Estas duas primeiras bases não fazem parte
a sonda de siRNA a ser solicitada.
-outseq seqoutall
Este é um arquivo das sequências das 23 regiões de bases que os siRNAs são selecionados
de. Você pode usá-lo para fazer pesquisas em bancos de dados de mRNA (por exemplo, REFSEQ) para confirmar que
as sondas são exclusivas para o gene no qual você deseja usá-las.
-contexto booleano
O arquivo de relatório de saída fornece as sequências das regiões de siRNA de 21 bases prontas para serem
ordenado. Isto não lhe dá uma indicação das 2 bases antes das 21 bases. Isto
muitas vezes é interessante ver quais das possíveis regiões de sonda sugeridas têm um 'AA'
na frente deles (ou seja, é útil ver quais das 23 regiões base começam com um
'AA'). Esta opção exibe todas as 23 bases da região com as duas primeiras bases
entre parênteses, por ex. '(AA)' para fornecer algum contexto para a região da sonda. VOCÊ NÃO DEVERIA
INCLUA AS DUAS BASES NOS SUPORTES AO FAZER UM PEDIDO DAS SONDAS. Padrão
valor: N
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