Este é o comando snp-sites que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
snp-sites - encontra sites snp a partir de um arquivo de alinhamento multi fasta
SINOPSE
snp_sites [-mvph] [-o output_filename] [arquivo de entrada]
DESCRIÇÃO
Este aplicativo faz um alinhamento multi-fasta, encontra todos os sites SNP e, em seguida, produz
os sites SNP em um dos seguintes formatos:
um alinhamento multifasta, VCF, formato phylip relaxado.
OPÇÕES
-m
Gerar um arquivo de alinhamento multifasta (padrão)
-v
Produzir um arquivo VCF
-p
Produzir um arquivo phylip
-o
Especifique um nome de arquivo de saída
-h
Esse documento
-V
Mostrar versão e sair
EXEMPLOS
snp-sites meu-alinhamento.aln
snp-sites my-gzipped-direction.aln.gz
FORMATO OF A INPUT ARQUIVO
Os arquivos de entrada devem ser assim:
> reference_sequence
aaccggtt
> comparação_sequência
AACCGGT
> another_comparison_sequence
AACCCTTT
Para mais exemplos, visite:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
Use sites snp online usando serviços onworks.net
