Este é o comando subread-align que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
subread-align - um alinhador preciso e eficiente para mapear leituras genômicas de DNA-seq
e leituras de RNA-seq (para fins de análise de expressão)
USO
subler-alinhar [opções] -i -r -o -t
Argumentos necessários:
-i
Nome base do índice.
-r
Nome do arquivo de entrada. Os formatos de entrada, incluindo gzipped fastq, fastq e fasta podem
ser detectado automaticamente. Se emparelhado, deve fornecer o nome do arquivo
incluindo primeiras leituras.
-t
Tipo de dados de sequenciamento de entrada. Seus valores incluem 0: RNA-seq data 1: genômico
Dados DNA-seq.
Argumentos opcionais:
-o
Nome do arquivo de saída. Por padrão, a saída está no formato BAM.
-n
Número de subreads selecionados, 10 por padrão.
-m
Limite de consenso para relatar um hit (número mínimo de subreads que mapeiam em
consenso). Se emparelhado, isso fornece o limite de consenso para a leitura da âncora.
3 por padrão
-M
Especifique o número máximo de bases incompatíveis permitidas no alinhamento. 3 por
predefinição. As correspondências incorretas encontradas em bases softclipadas não são contadas.
-T
Número de threads de CPU usados, 1 por padrão.
-I
Comprimento máximo (em bp) de indels que podem ser detectados. 5 por padrão. O programa
pode detectar indels de até 200 bp de comprimento.
-B
Número máximo de localizações de mapeamento igualmente melhores a serem relatadas. 1 por padrão. Observação
que. -u opção tem precedência sobre -B.
-P <3:6>
Formato das pontuações de Phred em arquivos de entrada, '3' para phred + 33 e '6' para phred + 64. '3'
por padrão.
-u Reportar apenas leituras mapeadas exclusivamente. Número de bases correspondentes (para RNA-seq) ou
bases incompatíveis (para DNA-seq genômico) são usadas para quebrar o vínculo.
-b Converta as bases de leitura do espaço de cores em bases de leitura do espaço de base na saída do mapeamento. Observação
que o mapeamento de leitura é executado no espaço de cores.
--sv Detectar variantes estruturais (por exemplo, indel longo, inversão, duplicação e
translocação) e relatar pontos de interrupção. Consulte o Guia do usuário para pontos de interrupção
comunicando.
--SAMinput
As leituras de entrada estão no formato SAM.
--BAMinput
As leituras de entrada estão no formato BAM.
--Saída SAM
Salve o resultado do mapeamento no formato SAM.
--trim5
Aparar número de bases da extremidade 5 'de cada leitura. 0 por padrão.
--trim3
Aparar número de bases da extremidade 3 'de cada leitura. 0 por padrão.
--rg-id
Adicione o ID do grupo de leitura à saída.
--rg
Adicionar para o cabeçalho do grupo de leitura (RG) na saída.
--DPGapOpen Penalidade para abertura de gap na detecção de indel curto. -1 by
padrão.
--DPGapExt
Penalidade para extensão de lacuna na detecção de indel curto. 0 por padrão.
--DPMismatch Penalidade por incompatibilidades na detecção de indel curto. 0 por
padrão.
--DPMatch
Pontuação para bases combinadas na detecção de indel curto. 2 por padrão.
--complexIndels
Detecta vários indels curtos que ocorrem simultaneamente em uma pequena região genômica
(esses indels podem estar separados por apenas 1bp).
-v Versão de saída do programa.
Argumentos opcionais para leituras emparelhadas:
-R
Nome do arquivo incluindo a segunda leitura.
-p
Limite de consenso para a leitura não âncora (recebendo menos votos do que a âncora
ler do mesmo par). 1 por padrão.
-d
Comprimento mínimo do fragmento / inserção, 50 bp por padrão.
-D
Comprimento máximo do fragmento / inserção, 600 bp por padrão.
-S
Orientação da primeira e segunda leituras, 'fr' por padrão (para frente / para trás).
Consulte o Manual do usuário para obter uma descrição detalhada dos argumentos.
Use subread-align online usando serviços onworks.net
