Este é o comando TransDecoder.Predict que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
Transdecoder - Predição da proteína do transcriptoma
USO
Requeridos:
-t transcripts.fasta
Opções comuns:
--retain_long_orfs retém todos os ORFs encontrados que são iguais ou maiores do que esses muitos nucleotídeos, mesmo que nenhuma outra evidência
marca como codificação (padrão: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm para pesquisar
usando hmmscan (que deve estar acessível por meio de sua configuração PATH)
--retain_blastp_hits
opções avançadas
--Comboio Arquivo FASTA com ORFs para treinar o Mod Markov para identificação de proteínas; de outra forma
ORFs não redundantes mais longos usados
-T Se não houver --train, os ORFs mais longos superiores para treinar o modelo Markov (estatísticas do hexâmero) (padrão: 500)
2015-12-28 TRANSDESCODIFICADOR.PREVER(1).
Use TransDecoder.Predict online usando serviços onworks.net
