Este é o comando WigeoN que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
wigeon - reimplementação do utilitário de detecção de anomalias de DNA Pintail 16S
DESCRIÇÃO
WigeoN examina a conservação da sequência entre uma consulta e uma referência confiável
seqüência, ambos em formato de alinhamento NAST. Com base na identidade de sequência entre a consulta
e a sequência de referência, há uma quantidade esperada de variação entre o alinhamento.
Se a variação observada for maior do que o quantil de 95% da distribuição de
variação observada entre sequências não anômalas, então é sinalizada como uma anomalia.
WigeoN é uma reimplementação flexível baseada em linha de comando do algoritmo Pintail Appl
Environ Microbiol. Dezembro de 2005; 7112: 7724-36.
WigeoN é útil para sinalizar quimeras e anomalias apenas em rRNA 16S quase completo
sequências. WigeoN carece de sensibilidade com sequências inferiores a 1000 bp.
Para executar o WigeoN, você precisa de sequências formatadas em NAST geradas pelo utilitário nast-ier.
WigeoN faz parte do pacote microbiomeutil.
OPÇÕES
Requeridos:
--consulta_NAST
arquivo multi-fasta contendo sequências de consulta em formato de alinhamento
Opcional:
--db_NAST
db em formato NAST
--db_FASTA
db em formato fasta (formatado em megablast)
--num_top_hits
padrão 1: usa apenas a melhor correspondência individual.
--enredo
--DEPURAR
--exec_dir
cd para exec_dir antes de executar
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