xml2dsr - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

xml2dsr - Converter arquivo DICOM SR e conjunto de dados em XML

SINOPSE

xml2dsr [opções] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIÇÃO

A xml2dsr utilitário converte o conteúdo de um documento XML (Extensible Markup Language)
para o formato DICOM Structured Reporting (SR) (formato de arquivo ou conjunto de dados brutos). O Esquema XML
dsr2xml.xsd ainda não segue nenhum formato padrão. No entanto, o xml2dsr Formulário on line
pode ser aprimorado neste aspecto no futuro (por exemplo, apoiando HL7 / CDA - Clínica
Arquitetura do Documento).

Um arquivo XML apropriado pode ser criado usando o dsr2xml ferramenta (opção + Xn recomendado para
adicionar declaração de namespace XML ao elemento raiz).

PARÂMETROS

xmlfile-in nome de arquivo de entrada XML a ser convertido (stdin: "-")

Nome de arquivo de saída DICOM SR de saída dsrfile

OPÇÕES

geral opções
-h --ajuda
imprima este texto de ajuda e saia

--versão
imprimir informações da versão e sair

- argumentos
imprimir argumentos de linha de comando expandidos

-q --quieto
modo silencioso, não imprime avisos e erros

-v --verboso
modo detalhado, detalhes de processamento de impressão

-d --depurar
modo de depuração, imprimir informações de depuração

-ll --log-level [l] evel: constante de string
(fatal, erro, aviso, informação, depuração, rastreamento)
use o nível l para o logger

-lc --log-config [f] ilename: string
use o arquivo de configuração f para o logger

entrada opções
codificação:

+ Ee - envelope-modelo
elemento de modelo inclui itens de conteúdo

em processamento opções
validação:

+ Vs --validate-schema
validar o documento XML em relação ao esquema
(não com --template-envelope)

# requer que libxml seja compilado com suporte de esquema XML

+ Vn --check-namespace
verifique o namespace XML na raiz do documento

identificadores únicos:

+ Ug --gerar-novos-uids
gerar novo UID de estudo / série / instância SOP

-Uo --dont-overwrite-uids
não sobrescrever UIDs existentes (padrão)

+ Uo --overwrite-uids
sobrescrever UIDs existentes

saída opções
formato de arquivo de saída:

+ F - escrever arquivo
escrever formato de arquivo (padrão)

-F --write-conjunto de dados
gravar conjunto de dados sem informações de meta do arquivo

sintaxe de transferência de saída:

+ t = --write-xfer-same
escrever com o mesmo TS da entrada (padrão)

+ te --write-xfer-little
escrever com VR explícito little endian TS

+ tb --write-xfer-big
escrever com VR explícito big endian TS

+ ti --write-xfer-implícito
escrever com VR implícito little endian TS

+ td --write-xfer-deflated
escrever com VR explícito pequeno TS de endian

representações de valor pós-1993:

+ u --enable-new-vr
habilitar suporte para novos VRs (UN / UT) (padrão)

-u --disable-new-vr
desative o suporte para novos VRs, converta para OB

codificação de comprimento de grupo:

+ g = --grupo-comprimento-recálculo
recalcular comprimentos de grupo, se presente (padrão)

+ g - group-length-create
sempre escreva com elementos de comprimento de grupo

-g --group-length-remove
sempre escreva sem elementos de comprimento de grupo

codificação de comprimento em sequências e itens:

+ e - comprimento-explícito
escrever com comprimentos explícitos (padrão)

-e --comprimento-indefinido
escrever com comprimentos indefinidos

preenchimento final do conjunto de dados (não com --write-dataset):

-p = --padding-reter
não altere o preenchimento (padrão se não --write-dataset)

-p --padding-off
sem preenchimento (implícito se --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: inteiro
alinhar o arquivo em múltiplos de f bytes
e itens em múltiplos de i bytes

esvaziar o nível de compressão (apenas com --write-xfer-deflated):

+ cl - nível de compressão [l] evel: inteiro (padrão: 6)
0 = descompactado, 1 = mais rápido, 9 = melhor compactação

NOTAS

DICOM Conformidade
A xml2dsr utilitário suporta as seguintes classes SOP:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Armazenamento abrangente de SRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Armazenamento 3DSRS abrangente 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MamografiaCADSRSarmazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRS armazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRadiationDoseSRSarmazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiofármacoRadiaçãoDoseSRSarmazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRS armazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
Plano de ImplantaçãoSRDocumentoArmazenamento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Observe que atualmente apenas os atributos obrigatórios e alguns opcionais são suportados.

Personagem Codificação
A codificação de caracteres DICOM é determinada automaticamente a partir do elemento com tag
'0008,0005' (Conjunto de caracteres específicos) - se houver. Os seguintes conjuntos de caracteres são
atualmente suportado (requer libxml para incluir iconv suporte, veja --versão saída):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cirílico "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Árabe "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Grego "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hebraico "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Vários conjuntos de caracteres não são suportados (apenas o primeiro valor do 'Caractere Específico
Set 'é usado para a codificação de caracteres em caso de multiplicidade de valor).

Compressão
Se libxml for compilado com suporte zlib, o arquivo de entrada (arquivo xml-in) pode ser também
compactado com ZIP, o que geralmente resulta em arquivos muito menores. Veja a saída da opção
--versão para verificar se o suporte zlib está disponível.

Limitações
O Esquema XML dsr2xml.xsd não suporta todas as variações do dsr2xml Formato de saída.
No entanto, o formato de saída padrão (mais opção --use-xml-namespace) Deveria trabalhar.

Diferentes versões de libxml parecem ter limites diferentes para o comprimento máximo de um
Valor do elemento XML. Portanto, deve-se evitar o uso de valores de elemento muito longos. UMA
O limite típico para libxml versão 2.7.3 (e acima) é de 10 MB para um valor de elemento único.

EXPLORAÇÃO MADEIREIRA

O nível de saída de registro das várias ferramentas de linha de comando e bibliotecas subjacentes pode
ser especificado pelo usuário. Por padrão, apenas erros e avisos são gravados no padrão
fluxo de erro. Usando a opção --verbose também mensagens informativas como detalhes de processamento
são relatados. Opção --depurar pode ser usado para obter mais detalhes sobre a atividade interna,
por exemplo, para fins de depuração. Outros níveis de registro podem ser selecionados usando a opção --registro-
nível. em --quieto modo, apenas erros fatais são relatados. Em tais eventos de erro muito graves,
o aplicativo geralmente será encerrado. Para obter mais detalhes sobre os diferentes níveis de registro,
veja a documentação do módulo 'oflog'.

Caso a saída de registro deva ser gravada em arquivo (opcionalmente com rotação de arquivo de registro),
para syslog (Unix) ou a opção de log de eventos (Windows) --log-config pode ser usado. Esse
arquivo de configuração também permite direcionar apenas certas mensagens para uma saída particular
stream e para filtrar certas mensagens com base no módulo ou aplicativo onde elas
são gerados. Um exemplo de arquivo de configuração é fornecido em /logger.cfg.

COMANDO LINHA

Todas as ferramentas de linha de comando usam a seguinte notação para parâmetros: colchetes incluem
valores opcionais (0-1), três pontos finais indicam que vários valores são permitidos
(1-n), uma combinação de ambos significa valores de 0 a n.

As opções de linha de comando são diferenciadas dos parâmetros por um sinal '+' ou '-' inicial,
respectivamente. Normalmente, a ordem e a posição das opções de linha de comando são arbitrárias (ou seja,
pode aparecer em qualquer lugar). No entanto, se as opções forem mutuamente exclusivas, a aparência mais à direita
é usado. Este comportamento está de acordo com as regras de avaliação padrão de shells Unix comuns.

Além disso, um ou mais arquivos de comando podem ser especificados usando um sinal '@' como um prefixo para
o nome do arquivo (por exemplo @ command.txt) Esse argumento de comando é substituído pelo conteúdo de
o arquivo de texto correspondente (vários espaços em branco são tratados como um único separador, a menos que
eles aparecem entre duas aspas) antes de qualquer avaliação posterior. Por favor, note que
um arquivo de comando não pode conter outro arquivo de comando. Esta abordagem simples, mas eficaz
permite resumir combinações comuns de opções / parâmetros e evita longos e
confusas linhas de comando (um exemplo é fornecido no arquivo /dumppat.txt).

MEIO AMBIENTE

A xml2dsr utilitário tentará carregar dicionários de dados DICOM especificados no
DCMDICPATH variável de ambiente. Por padrão, ou seja, se o DCMDICPATH variável de ambiente
não está definido, o arquivo /dicom.dic será carregado a menos que o dicionário seja construído
no aplicativo (padrão para Windows).

O comportamento padrão deve ser preferido e o DCMDICPATH variável de ambiente apenas
usado quando dicionários de dados alternativos são necessários. o DCMDICPATH variável de ambiente
tem o mesmo formato que o shell Unix PATH variável em que dois pontos (':') separam
entradas. Em sistemas Windows, um ponto e vírgula (';') é usado como separador. O dicionário de dados
o código tentará carregar cada arquivo especificado no DCMDICPATH variável de ambiente. Isto
é um erro se nenhum dicionário de dados puder ser carregado.

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