Este é o aplicativo Linux chamado Bambam, cuja versão mais recente pode ser baixada como bambam-1.4.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Bambam com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
BamBam
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DESCRIÇÃO
O BamBam inclui várias ferramentas para analisar dados de sequenciamento de DNA de última geração. Ferramentas são fornecidas para chamar SNPs e indels, identificar deleções em grande escala, tabular contagens de leituras mapeadas, análise de metilação e muito mais.
Depende de SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) e BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools) Também usa BioPerl, que está incluído no tarball de download.
Funcionalidades
- chamar SNPs e indels
- imputar genótipos
- construir sequências de consenso
- tabular contagens de leituras mapeadas (RNA-seq)
- inferir faseamento de haplótipo com agrupamento K-means
- analisar metilação de DNA (sequenciamento de bissulfito)
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Perl, C ++
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/bambam/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.