Este é o aplicativo Linux denominado BLAST Ring Image Generator, cuja versão mais recente pode ser baixada como BRIG-0.95-dist.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado BLAST Ring Image Generator com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Gerador de imagem de anel BLAST
DESCRIÇÃO
BRIG é um aplicativo de plataforma cruzada (Windows / Mac / Unix) que pode exibir comparações circulares entre um grande número de genomas, com foco no tratamento de dados de montagem do genoma.Por favor, cite o artigo BRIG se o BRIG for usado para gerar números para publicações: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): comparações simples do genoma procarioto, BMC Genomics, 12: 402. PMID: 21824423
Recursos
- As imagens mostram semelhança entre uma sequência de referência central e outras sequências como anéis concêntricos.
- O BRIG irá realizar todas as comparações BLAST e análise de arquivos automaticamente por meio de uma interface de usuário simples.
- Limites de Contig e cobertura de leitura podem ser exibidos para genomas de rascunho; gráficos e anotações personalizados podem ser exibidos.
- Usando um conjunto de genes definidos pelo usuário como entrada, o BRIG pode exibir a presença, ausência, truncamento ou variação de sequência de genes em um conjunto de genomas completos, genomas de rascunho ou mesmo dados de sequência não montados e brutos.
- O BRIG também aceita arquivos de mapeamento de leitura formatados por SAM, permitindo que regiões genômicas presentes em dados de sequência não montados de várias amostras sejam comparados simultaneamente
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Java
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/brig/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.