Este é o aplicativo Linux denominado codonPhyML, cuja versão mais recente pode ser baixada como codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado codonPhyML com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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códonPhyML
DESCRIÇÃO
codonPhyML usa modelos de códon Markovianos de evolução na reconstrução da filogenia. Dado um conjunto de espécies caracterizadas por suas sequências de DNA como entrada, codonPhyML retornará a árvore filogenética que melhor descreve sua relação evolutiva. Nosso artigo que descreve codonPhyML foi publicado na revista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Para mais detalhes, acesse o link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML está na capa do MBE! Confira (agosto de 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Para a versão multimodelo do CodonPhyML, use o tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Funcionalidades
- Modelos de códon de evolução de Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Heurística de pesquisa de topologia de árvore NNI e SPR
- parâmetros de taxa de substituição estimados por máxima verossimilhança
- suporte a vários núcleos por meio de OpenMP
- probabilidade comparável em diferentes modelos (ou seja, AA, NT e CODON)
Público
Ciência / Pesquisa, Educação
Interface com o usuário
Console / Terminal, linha de comando
Linguagem de Programação
C
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
