Este é o aplicativo Linux denominado GenSeed-HMM para rodar no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como tutorial_files.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado GenSeed-HMM para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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GenSeed-HMM para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
GenSeed-HMM é um programa para montagem progressiva de DNA impulsionada por sementes. Ele difere do GenSeed publicado anteriormente em muitos aspectos, mas mais claramente por ser capaz de usar um perfil HMM como semente.Basicamente, GenSeed-HMM executa três operações, repetidamente:
- recrutar leituras combinando-as com uma semente
- reunir as leituras recrutadas (incluindo contigs previamente montados)
- gerar novas sementes (para a próxima rodada de montagem progressiva) a partir das extremidades de todos os contigs gerados
A primeira semente é fornecida pelo usuário e pode ser um pedaço de DNA ou sequência de proteína, ou um perfil de HMM, para aumentar a sensibilidade.
Este programa depende do BLAST + ou hmmsearch e uma série de ferramentas de suporte de terceiros (EMBOSS 'transeq and splitter, bowtie, 454's sfffile e sffinfo). Quais ferramentas serão obrigatórias depende do tipo de semente e montador usado.
Os montadores atualmente suportados incluem CAP3, Newbler, SOAPdenovo, Velvet e Abyss.
Recursos
- montagem progressiva
- montagem impulsionada por sementes
- grande escolha de montadores
- sementes podem ser HMMs de perfil, DNA ou proteína
Público
Ciência / pesquisa, usuários finais avançados, usuários finais / desktop
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Perl
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/genseedhmm/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
