Este é o aplicativo Linux chamado Hierachical_DNAcoder cuja versão mais recente pode ser baixada como Sourcecode.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Hierachical_DNAcoder com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Hierachical_DNAcoder
DESCRIÇÃO
O armazenamento e a transferência de dados de grandes genomas estão se tornando preocupações importantes para os pesquisadores biomédicos. Apresentamos um novo método de compressão de genoma baseado em múltiplas referências com uma estrutura hierárquica. Nossa abordagem funciona para a compressão de formato de alinhamento padrão de fato (isto é, BAM) que é a necessidade urgente no momento. Alinhamos novas sequências a uma sequência de referência usando SOAP3, um software de alinhamento baseado em GPU, e resumimos as propriedades e informações de mapeamento para leituras mapeadas exatas. Para aumentar a taxa de alinhamento exata, também realinhamos as leituras mapeadas e não mapeadas aproximadamente, alterando a sequência de referência ou encurtando o comprimento da leitura. Enquanto isso, continuamos o estudo usando valores de qualidade "com perdas" por meio do esquema de agrupamento k-means e descobrimos seu efeito de minuto em aplicativos downstream. O método proposto atingiu taxas de compressão de 0.5 a 0.65, o que corresponde a uma economia de espaço de 35% -50%, em conjuntos de dados experimentais.
Funcionalidades
- Eficiente
- pomposidade
- Promissor
Público
Tecnologia da Informação, Ciência / Pesquisa, Engenharia
Linguagem de Programação
C + +
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
