Este é o aplicativo Linux chamado iMSAT para ser executado no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como SSRs.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado iMSAT para rodar no Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
Ad
iMSAT para rodar no Linux online
DESCRIÇÃO
iMSAT representa uma atualização completa do programa vcf2MSAT. Este programa python de linha de comando permite que um usuário use os dados de polimorfismo gerados usando ferramentas SAM e BAM e um arquivo de alinhamento .fasta para procurar marcadores de microssatélites polimórficos (MSATs ou STRs). Ao identificar fabricantes polimórficos, em vez de simples regiões repetidas, como os programas anteriores fizeram, o iMSAT aumenta muito a velocidade com que os MSATs polimórficos podem ser identificados - economizando tempo e dinheiro preciosos aos pesquisadores. Visita http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract para o artigo em pdf que descreve a utilidade do iMSAT e se você usar o programa, cite este artigo como: Andersen e Mills: iMSAT: uma nova abordagem para o desenvolvimento de loci de microssatélites usando bibliotecas Illumina com código de barras. BMC Genomics 2014 15:858.Funcionalidades
- Identificação de microssatélites polimórficos
- Sequenciamento Illumina
- Análise genômica
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Python
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/imsat/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
