Este é o aplicativo Linux chamado Javamony para rodar no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como Javamony.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Javamony para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Javamony para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
Baseado no não tão bem sucedido Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), o mesmo aluno determinado dá outra chance ao problema filogenético.Javamony é invocado da seguinte forma:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [random / stepwise (iniciar árvore)] [# de bootstraps] [outgroup taxon # 1] [outgroup taxon # 2] ...
Não pretendendo ser um programa competitivo de inferência filogenética, Javamony é uma oportunidade para eu adquirir a linguagem Java enquanto aprendo a abordar e resolver problemas fundamentais em filogenética. Portanto, para meu próprio benefício educacional, todo código é original. Claro, provavelmente também há muitos erros.
Eu distribuo Javamony, como fiz Pysimony, esperando que seja de valor educacional para outra pessoa ou, pelo menos, vagamente divertido.
Os próximos recursos serão:
- Suporte para sequências de aminoácidos
- Suporte para formatos de arquivo adicionais (por exemplo, Nexus)
- Multithreading
- Métodos de pontuação adicionais (por exemplo, probabilidade máxima)
Funcionalidades
- Usa parcimônia máxima
- Lê um arquivo de entrada FASTA (apenas DNA)
- Grupo externo estabelecido pelo usuário
- Árvores iniciais de adição aleatória e gradual
- Usa SPR (poda de subárvore e reenquadramento) pesquisa de árvore
- Executa bootstrapping
- Formato de saída Newick padrão com suporte de bootstrap e ramais
- Desenha a árvore final com suporte para bootstrap
Público
Ciência / Pesquisa, Educação
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Java
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/javamony/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.