Este é o aplicativo Linux chamado KMC-KaiC, cuja versão mais recente pode ser baixada como KMC_KaiC_Original.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado KMC-KaiC com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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CMK-KaiC
DESCRIÇÃO
Este código é um algoritmo Kinetic Monte Carlo (KMC) dedicado que simula um modelo do relógio circadiano Kai pós-tradução.
O código permite simular o sistema Kai no nível de hexâmeros e monômeros KaiC individuais e rastreia explicitamente o turnover de cada nucleotídeo ATP. Além da hidrólise do ATP, todas as reações obedecem a um balanço detalhado.
A aplicação do código é descrita em nosso artigo intitulado "Um modelo termodinamicamente consistente do relógio circadiano de Kai pós-tradução", que está disponível gratuitamente na revista de acesso aberto PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
* ATUALIZAÇÃO * Fizemos uma versão totalmente reversível de nosso modelo, incluindo as reações inversas para hidrólise de ATP. Isso torna possível executar o modelo em equilíbrio termodinâmico. Esta versão do modelo pode ser baixada em KMC_KaiC_Rev.zip.
Se você gosta de usar nosso modelo para sua própria pesquisa, cite nosso artigo de Biologia Computacional PLoS.
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
C + +
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
