Este é o aplicativo Linux chamado kSNP para rodar no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como kSNP3.1_Linux_package.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado kSNP para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
kSNP para rodar em Linux online
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DESCRIÇÃO
O kSNP identifica os SNPs do pan-genoma em um conjunto de sequências do genoma e estima as árvores filogenéticas com base nesses SNPs. A descoberta do SNP é baseada na análise de k-mer e não requer alinhamento de sequência múltipla ou a seleção de um genoma de referência, portanto, o kSNP pode ter 100 genomas microbianos como entrada. Um locus SNP é definido por um oligo de comprimento k circundando um alelo SNP central. O kSNP pode analisar genomas completos (acabados) e genomas não acabados em contigs montados ou leituras brutas não montadas. Os genomas finalizados e não finalizados podem ser analisados juntos, e o kSNP pode baixar automaticamente os arquivos Genbank dos genomas finalizados e incorporar as informações desses arquivos na anotação SNP.Gardner, SN e Hall, BG 2013. Quando alinhamentos de genoma inteiro simplesmente não funcionam: software kSNP v2 para descoberta de SNP sem alinhamento e filogenética de centenas de genomas microbianos. PLoS ONE, 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
