Este é o aplicativo Linux chamado MethylExtract, cuja versão mais recente pode ser baixada como MethylExtract.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MethylExtract com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
MetilExtrato
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DESCRIÇÃO
MethylExtract é uma ferramenta amigável para gerar i) mapas de metilação de todo o genoma de alta qualidade e ii) detectar variações de sequência dentro da mesma preparação de amostra. O programa é implementado em um único script e leva em consideração todas as principais fontes de erro: erros de sequenciamento, falha de bissulfito, leituras clonais e variantes de nucleotídeo único. MethylExtract detecta variação (SNVs - Variação de Nucleotídeo Único) de maneira semelhante ao VarScan, um método muito sensível amplamente usado em SNP e chamada de genótipo com base em leituras não tratadas com bissulfito.
Funcionalidades
- Metilação e chamada SNV de experimentos NGS BS-Seq
- Detecta e remove potenciais duplicados de PCR
- Detecção de falhas putativas de bissulfito
- Controle de erros de sequenciamento
- Avaliação estatística de falha de bissulfito
- Processamento de arquivos Bissulfito SAM / BAM
- Multithreading e controle de memória
Linguagem de Programação
Perl
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/methylextract/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.