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Baixar MethylExtract para Linux

Baixe gratuitamente o aplicativo MethylExtract Linux para rodar online no Ubuntu online, Fedora online ou Debian online

Este é o aplicativo Linux chamado MethylExtract, cuja versão mais recente pode ser baixada como MethylExtract.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.

Baixe e execute online este aplicativo chamado MethylExtract com OnWorks gratuitamente.

Siga estas instruções para executar este aplicativo:

- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.

- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.

- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.

- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.

- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.

- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.

MetilExtrato


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DESCRIÇÃO

MethylExtract é uma ferramenta amigável para gerar i) mapas de metilação de todo o genoma de alta qualidade e ii) detectar variações de sequência dentro da mesma preparação de amostra. O programa é implementado em um único script e leva em consideração todas as principais fontes de erro: erros de sequenciamento, falha de bissulfito, leituras clonais e variantes de nucleotídeo único. MethylExtract detecta variação (SNVs - Variação de Nucleotídeo Único) de maneira semelhante ao VarScan, um método muito sensível amplamente usado em SNP e chamada de genótipo com base em leituras não tratadas com bissulfito.



Funcionalidades

  • Metilação e chamada SNV de experimentos NGS BS-Seq
  • Detecta e remove potenciais duplicados de PCR
  • Detecção de falhas putativas de bissulfito
  • Controle de erros de sequenciamento
  • Avaliação estatística de falha de bissulfito
  • Processamento de arquivos Bissulfito SAM / BAM
  • Multithreading e controle de memória


Linguagem de Programação

Perl


Categorias

Bioinformática

Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/methylextract/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.


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