Este é o aplicativo Linux chamado MITP, cuja versão mais recente pode ser baixada como MITP-1.1.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MITP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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MITP
DESCRIÇÃO
miRNA é um pequeno RNA não codificador amplamente conhecido que pode mediar a regulação gênica dos processos biológicos mais importantes em plantas e animais. Portanto, a identificação conserva e novos miRNA e seus genes alvo em modelo e novas espécies sequenciadas são inevitáveis. O MITP é projetado para identificar miRNA de forma fácil e rápida com base no resultado do mapeamento de sequência de qualquer software de mapeamento que produza o resultado de saída do formato SAM, resultado de explosão (resultado de saída padrão) ou resultado de blat (resultado de saída padrão). O programa fornece um parâmetro de etapa (8 etapas) que pode permitir a execução do programa a partir de qualquer etapa e a conclusão de todas as etapas restantes. Você também pode executar passo a passo usando cada programa passo a passo. Execute esses programas de etapas no mesmo diretório para executar o programa principal MITP.pl. Algumas etapas são opcionais (filtro de leitura, expressão, classe de miRNA e destino). Ao selecionar os parâmetros relacionados que pertencem a essas etapas opcionais, o programa executará essas etapas. Caso contrário, pule essas etapas.
Funcionalidades
- Identificar o miRNA conservado de acordo com o resultado do BLAST entre miRNA conhecido e sequência do genoma
- Identificar o novo miRNA com base no resultado do alinhamento na saída BLAST padrão, saída BLAT ou arquivo de formato SAM
- Identifique as mesmas regiões de RNA
- Predizer genes alvo de miRNA
- Compare miRNA em diferentes espécies
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Perl
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/mitp/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
