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NGSEP para rodar no Linux download online para Linux

Baixe grátis NGSEP para rodar em Linux online. Aplicativo Linux para rodar online em Ubuntu online, Fedora online ou Debian online

Este é o aplicativo Linux denominado NGSEP para execução no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como NGSEPcore_4.0.1.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.

Baixe e execute online este aplicativo chamado NGSEP para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.

Siga estas instruções para executar este aplicativo:

- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.

- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.

- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.

- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.

- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.

- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.

SCREENSHOTS

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NGSEP para rodar em Linux online


DESCRIÇÃO

NGSEP é uma estrutura integrada para análise de dados de sequenciamento de alto rendimento de DNA. O principal uso do NGSEP é a construção e análise downstream de grandes conjuntos de dados de variação genômica. O NGSEP realiza a detecção e a genotipagem precisas de variantes de nucleotídeo único (SNVs), indels pequenos e grandes, repetições em tandem curtas (STRs), inversões e variantes de número de cópias (CNVs). O NGSEP também fornece módulos para anotação funcional, filtragem, conversão de formato, comparação, agrupamento, imputação, análise de introgressão e diferentes tipos de estatísticas. Uma lista completa de funcionalidades está disponível em nosso wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).

NEWS: Acabamos de disponibilizar o primeiro lançamento de linha de comando da versão 4, incluindo nossa própria implementação de um alinhador de leitura baseado em índice FM. O uso da linha de comando foi padronizado em todo o aplicativo. Por favor, reserve um tempo para atualizar os scripts para atualizar para esta nova versão. Mais detalhes estão disponíveis no wiki.

Recursos

  • Detecção de SNPs, CNVs e variantes estruturais
  • Alinhamento de leituras brutas a um genoma de referência
  • Manipulação de VCF: anotação funcional, mesclagem, filtro, comparação, conversão de formato, imputação
  • Cálculo e plotagem de estatísticas SAM / BAM e VCF
  • Lê Demultiplexação
  • Alinhamento de conjuntos de genoma anotados
  • Estatísticas e filtragem de anunciações do transcriptoma no formato GFF3


Público

Indústria de saúde, ciência / pesquisa, outro público, agricultura


Interface com o usuário

Java SWT, Console / Terminal, Eclipse


Linguagem de Programação

Java



Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.


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