Este é o aplicativo Linux denominado NGSEP para execução no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como NGSEPcore_4.0.1.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado NGSEP para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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NGSEP para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
NGSEP é uma estrutura integrada para análise de dados de sequenciamento de alto rendimento de DNA. O principal uso do NGSEP é a construção e análise downstream de grandes conjuntos de dados de variação genômica. O NGSEP realiza a detecção e a genotipagem precisas de variantes de nucleotídeo único (SNVs), indels pequenos e grandes, repetições em tandem curtas (STRs), inversões e variantes de número de cópias (CNVs). O NGSEP também fornece módulos para anotação funcional, filtragem, conversão de formato, comparação, agrupamento, imputação, análise de introgressão e diferentes tipos de estatísticas. Uma lista completa de funcionalidades está disponível em nosso wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NEWS: Acabamos de disponibilizar o primeiro lançamento de linha de comando da versão 4, incluindo nossa própria implementação de um alinhador de leitura baseado em índice FM. O uso da linha de comando foi padronizado em todo o aplicativo. Por favor, reserve um tempo para atualizar os scripts para atualizar para esta nova versão. Mais detalhes estão disponíveis no wiki.
Recursos
- Detecção de SNPs, CNVs e variantes estruturais
- Alinhamento de leituras brutas a um genoma de referência
- Manipulação de VCF: anotação funcional, mesclagem, filtro, comparação, conversão de formato, imputação
- Cálculo e plotagem de estatísticas SAM / BAM e VCF
- Lê Demultiplexação
- Alinhamento de conjuntos de genoma anotados
- Estatísticas e filtragem de anunciações do transcriptoma no formato GFF3
Público
Indústria de saúde, ciência / pesquisa, outro público, agricultura
Interface com o usuário
Java SWT, Console / Terminal, Eclipse
Linguagem de Programação
Java
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
