Este é o aplicativo Linux chamado PASHA: Parallelized Short Read Assembly cuja última versão pode ser baixada como Pasha-1.0.10.tar.bz2. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online gratuitamente este aplicativo chamado PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
PASHA: Montagem de leitura curta paralelizada
Ad
DESCRIÇÃO
PASHA é um assembler de leitura curta paralela para grandes genomas usando os gráficos de Bruijn. Aproveitando as vantagens das CPUs multi-core de memória compartilhada e clusters de computação de memória distribuída, o PASHA demonstrou seu potencial para realizar a montagem de novo de alta qualidade de grandes genomas em um tempo razoável com recursos de computação modestos. Nossa avaliação usando três pequenos conjuntos de dados pareados reais mostra que o PASHA é capaz de produzir conjuntos melhores com cobertura de genoma comparável e taxas de montagem incorreta em comparação com os três principais montadores: Velvet, ABySS e SOAPdenovo. Além disso, o PASHA atinge a velocidade mais rápida para todos os três conjuntos de dados em uma única CPU. Para o genoma humano, o PASHA atinge qualidade de montagem competitiva com ABySS e é capaz de concluir a montagem em cerca de 21 horas, o que é cerca de 2.38 × mais rápido do que ABySS nas mesmas configurações de hardware.
Interface com o usuário
Console / Terminal
Linguagem de Programação
C + +
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/pasha/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.