Este é o aplicativo Linux chamado PyPedal, cuja versão mais recente pode ser baixada como PyPedal-2.0.3.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado PyPedal com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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PyPedalGenericName
DESCRIÇÃO
PyPedal é um módulo Python que fornece ferramentas para a manipulação de pedigrees, visualização simples de pedigrees e o cálculo de medidas de diversidade genética a partir de pedigrees.
Recursos
- Ler arquivos de linhagem em formatos definidos pelo usuário
- Verificando a integridade do pedigree (IDs duplicados, pais mais jovens do que filhos, etc.)
- Gerar informações resumidas, como frequência de aparecimento no arquivo de linhagem
- Reordenação e renumeração de arquivos de pedigree
- Cálculo da matriz de relacionamento do numerador (A) a partir de um arquivo de linhagem usando o método tabular
- Cálculos de consanguinidade para grandes pedigrees
- Cálculo dos coeficientes médios totais e médios individuais de consanguinidade e relacionamento
- Cálculo de coeficientes de endogamia parcial usando um método tabular iterativo (Lacy, 1996; Gulisija, 2006)
- Cálculo de coeficientes de endogamia ancestral usando os métodos de Ballou (1997) ou Suwanlee et al. (2007)
- Cálculo de tamanhos populacionais efetivos teóricos e reais
- Cálculo do número fundador efetivo usando o algoritmo exato de Lacy
- Cálculo do número fundador efetivo usando o algoritmo aproximado de Boichard et al.
- Cálculo do número ancestral efetivo usando os algoritmos de Boichard et al.
- Seleção de subpedigrees contendo todos os ancestrais de um animal
- Identificação dos parentes comuns de dois animais
- Cálculo da consanguinidade da prole de um acasalamento prospectivo
- Saída para arquivos de texto ASCII, incluindo matrizes, coeficientes de consanguinidade e relacionamento e informações resumidas
- Importação e exportação de arquivos GEDCOM 5.5
- Importação e exportação de arquivos GENES 1.20 (dBase III)
- Carregar pedigrees e salvá-los em bancos de dados MySQL, Postgres e SQLite
- Simulação de pedigrees usando um algoritmo derivado do Matvec 1.1a
Público
Educação, Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Python
Ambiente de Banco de Dados
MySQL, PostgreSQL (pgsql), SQLite
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/pypedal/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
